基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_039123
当前版本: OH-1004
染色体: Chr09
坐标: 59681740-59682654
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA915 bp · LXL04_039123|LXL04_039123|OH1004|cDNA
ATGCAGCTTCATATATTCTCCAATGAAAAAGAAATGGTTATTGTTGTTTTTATGTTACTCTCAGCAGATAGTTACTACGCCGTCATAGATGATGCAATCGCACCACCACCACCAATGGAGTTACCGCGTGAGAAACCTTCCACCAAGGTCAACCCAACAATGGCGATTATACTGGTGTGCATTTTAAGTGCCTTCTTCATGATATGTGTCGTCTCCACTTACTTCCGCCATTTTACTGAACGACAACTCAGACTTGCTGG...
CDS
下载 CDS FASTA915 bp · LXL04_039123|LXL04_039123|OH1004|CDS
ATGCAGCTTCATATATTCTCCAATGAAAAAGAAATGGTTATTGTTGTTTTTATGTTACTCTCAGCAGATAGTTACTACGCCGTCATAGATGATGCAATCGCACCACCACCACCAATGGAGTTACCGCGTGAGAAACCTTCCACCAAGGTCAACCCAACAATGGCGATTATACTGGTGTGCATTTTAAGTGCCTTCTTCATGATATGTGTCGTCTCCACTTACTTCCGCCATTTTACTGAACGACAACTCAGACTTGCTGG...
304 aa · LXL04_039123|LXL04_039123|OH1004|PROTEIN
MQLHIFSNEKEMVIVVFMLLSADSYYAVIDDAIAPPPPMELPREKPSTKVNPTMAIILVCILSAFFMICVVSTYFRHFTERQLRLAGSTQTRSETGSTRSVVHGLDPSVIATFPRFLYSSVKGIKIGQTVLECAVCLNEFQDHETLRLLPKCSHVFHQDCIDTWLVSHVTCPVCRANLVVRPGELDHVTESSLHLPVDPEIDFASTEFLLPIESKHKIPPTTEMPRSHSTGHSVVVRPVENTERYTLRLPSEARSLFGNN...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_039123 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_039123 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr09:59681740-59682654 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to ATL6: E3 ubiquitin-protein ligase ATL6 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程 GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G22500 ath:AT1G72200 ath:AT3G05200 ath:AT5G27420 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.266
内质网0.250
溶酶体／液泡0.242
细胞质0.211
高尔基体0.170
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13639.13zf-RING_2132-175 aaPF17123.12zf-RING_11132-161 aaPF13923.13zf-C3HC4_2132-174 aaPF14634.13zf-RING_5132-175 aaPF00097.32zf-C3HC4133-174 aaPF13445.13zf-RING_UBOX133-172 aaPF12678.14zf-rbx1135-175 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_039123 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 132 | 175 | 2.2e-14 | 54.1 |
| LXL04_039123 | PF17123.12 | zf-RING_11 | 132 | 161 | 1.2e-11 | 44.8 |
| LXL04_039123 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 132 | 174 | 7.5e-09 | 36.0 |
| LXL04_039123 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 132 | 175 | 8.7e-06 | 26.3 |
| LXL04_039123 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 133 | 174 | 5.1e-07 | 30.2 |
| LXL04_039123 | PF13445.13 | zf-RING_UBOX | 133 | 172 | 6.2e-06 | 26.8 |
| LXL04_039123 | PF12678.14 | zf-rbx1 | 135 | 175 | 4.4e-08 | 33.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8RXX9 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase ATL6 | 42.471% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q8LGA5 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase ATL31 | 40.984% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9SK92 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase ATL15 | 37.786% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q84W40 | 拟南芥 | RING-H2 finger protein ATL11 | 38.321% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9C7I1 | 拟南芥 | RING-H2 finger protein ATL34 | 37.762% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |