LXL04_039067 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039067

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 58406237-58409611 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1626 bp · LXL04_039067|LXL04_039067|OH1004|cDNA

ATGTCAGTATGTCACCTAATGAAAACTTCCTTTAAGCGGTCTAAACCCCAGTTAAACGGGGGTTTCTCGATTTGTTACGGGATTCAAAGCAAACGCGAGCAAAGCAATACGAATATGGCGCCAAAGTCGAGCAAGAATCGTTCACCACCGTCGGATCCTGATGGTATCTTCTCTGGTATGGTCGTCTTCCTTGTCGATACTGACGTACAGAGACGTCGTTTGGAGATATGGAAGCAAAAGCTGGTGCAGATGGGAGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1626 bp · LXL04_039067|LXL04_039067|OH1004|CDS

ATGTCAGTATGTCACCTAATGAAAACTTCCTTTAAGCGGTCTAAACCCCAGTTAAACGGGGGTTTCTCGATTTGTTACGGGATTCAAAGCAAACGCGAGCAAAGCAATACGAATATGGCGCCAAAGTCGAGCAAGAATCGTTCACCACCGTCGGATCCTGATGGTATCTTCTCTGGTATGGTCGTCTTCCTTGTCGATACTGACGTACAGAGACGTCGTTTGGAGATATGGAAGCAAAAGCTGGTGCAGATGGGAGCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

541 aa · LXL04_039067|LXL04_039067|OH1004|PROTEIN

MSVCHLMKTSFKRSKPQLNGGFSICYGIQSKREQSNTNMAPKSSKNRSPPSDPDGIFSGMVVFLVDTDVQRRRLEIWKQKLVQMGAILEEENLSRNVTHVFAINLESLCNKFEQKLLQRFKGTILLYQWLEETLRLGKKVNEESYTIHFDSPKKTGNENHEVKESNEDHLHLHKKLKSSPNNSETSSPEMKDKSLDQKVNAPDPSLPYHPPDLNRNITEIFGKLINIYRALGDDRRSFSYYKAVPVIERLPFKIESVDQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039067`
TK1151 ID	TkA04G500870
OH-1004 ID	LXL04_039067
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.716 / OH-1004 63.401 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039067

位置 Chr09:58406237-58409611 (+)

描述 Similar to POLL: DNA polymerase lambda

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10520`	参与碱基切除修复（BER）的修复聚合酶，负责修复导致DNA无碱基位点（AP位点）损伤的区域。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0237200`	参与碱基切除修复（BER）的修复聚合酶，负责修复导致DNA无碱基位点（AP位点）损伤的区域。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039067 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0097510 base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0035861 site of double-strand break 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10520

dosa:Os06g0237200

hsa:27343

rno:361767

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.831

排名 1 · LXL04_039067 · OH-1004

细胞质0.209

排名 2 · LXL04_039067 · OH-1004

线粒体0.063

排名 3 · LXL04_039067 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 4 · LXL04_039067 · OH-1004

内质网0.016

排名 5 · LXL04_039067 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14716.14HHH_8214-283 aa

PF10391.16DNA_pol_lambd_f300-347 aa

PF14792.13DNA_pol_B_palm349-463 aa

PF14791.12DNA_pol_B_thumb470-540 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039067	`PF14716.14`	HHH_8	214	283	1.5e-13	51.6
LXL04_039067	`PF10391.16`	DNA_pol_lambd_f	300	347	2.7e-19	69.5
LXL04_039067	`PF14792.13`	DNA_pol_B_palm	349	463	3.7e-28	98.7
LXL04_039067	`PF14791.12`	DNA_pol_B_thumb	470	540	2.5e-19	69.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNY4`	拟南芥	DNA polymerase lambda	63.962%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67VC8`	水稻	DNA polymerase lambda	58.912%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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