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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_038939
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53675035-53679628 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2031 bp · LXL04_038939|LXL04_038939|OH1004|cDNA

ATGGCGATGGCGAGGGCAAGCTCTGGCCTCGCATACCCGGATCGTTTTTACGCCGCTGCTACTTACGCCGGCTTCGGCGGCTCCCCCACTTCATCTTCCAAAGGGGTCACATCCAAATTCTCTAATGACGTCGCTCTTTTGCTTTACGCCTTGTATCAACAGGCAACTGTTGGAGCTTGTAGCGTACCAAAACCAAGAGGTTGGAGTCCTGTGGAACAAAGCAAATGGACAAGTTGGAATGGTCTTGGAAACATGGCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2031 bp · LXL04_038939|LXL04_038939|OH1004|CDS

ATGGCGATGGCGAGGGCAAGCTCTGGCCTCGCATACCCGGATCGTTTTTACGCCGCTGCTACTTACGCCGGCTTCGGCGGCTCCCCCACTTCATCTTCCAAAGGGGTCACATCCAAATTCTCTAATGACGTCGCTCTTTTGCTTTACGCCTTGTATCAACAGGCAACTGTTGGAGCTTGTAGCGTACCAAAACCAAGAGGTTGGAGTCCTGTGGAACAAAGCAAATGGACAAGTTGGAATGGTCTTGGAAACATGGCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

676 aa · LXL04_038939|LXL04_038939|OH1004|PROTEIN

MAMARASSGLAYPDRFYAAATYAGFGGSPTSSSKGVTSKFSNDVALLLYALYQQATVGACSVPKPRGWSPVEQSKWTSWNGLGNMASIEAMRLFVKILEEEDPGWYSRAANFISEPVVDVEMNHNVKMELPSKNEISLPETKTIPHENGNSVEPHDKDVMVEGLSSVVVYDQWVDPPVSGQRPKPRYEHAAAVIDDKMYIFGGNHNGRYLNDLQTLDLRNWTWSKVEVKPNSEAPVTVTPCAGHSLIPWEGNKLISIAGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_038939
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_038939
位置Chr09:53675035-53679628 (-)
描述Similar to ACBP4: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05420 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z
Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins ACBP4 and ACBP5 are subcellularly localized to the cytosol and ACBP4 depletion affects membrane lipid composition.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9392-7
At5g27630 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0835600 以高亲和力结合中链和长链酰基辅酶 A 酯。
The rice acyl-CoA-binding protein gene family: phylogeny, expression and functional analysis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03546.x
Subcellular localization of rice acyl-CoA-binding proteins (ACBPs) indicates that OsACBP6::GFP is targeted to the peroxisomes.2014 · DOI: 10.1111/nph.12809
Os03g0835800 与 RAB5A 和 VPS9A 协同作用，调节籽粒灌浆和成熟过程中种子胚乳中主要储存蛋白的致密囊泡介导的高尔基后运输。
GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION3 encodes a regulator of post-Golgi vesicular traffic essential for vacuolar protein sorting in rice endosperm.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.121376
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038939 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006869 lipid transport 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G05420
ath:AT5G27630
dosa:Os03g0835600
dosa:Os03g0835800
osa:4334700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.416
排名 1 · LXL04_038939 · OH-1004
细胞核0.252
排名 2 · LXL04_038939 · OH-1004
高尔基体0.185
排名 3 · LXL04_038939 · OH-1004
细胞膜0.140
排名 4 · LXL04_038939 · OH-1004
溶酶体／液泡0.099
排名 5 · LXL04_038939 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00887.25ACBP35-97 aa
PF13415.13Beta-prop_FBX42155-262 aa
PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7171-261 aa
PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1171-298 aa
PF13854.13Kelch_HCF172-203 aa
PF13418.13Beta-prop_TYW4181-369 aa
PF01344.32Kelch_1185-226 aa
PF07646.22Kelch_2185-230 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_038939PF00887.25ACBP35971.1e-1661.5
LXL04_038939PF13415.13Beta-prop_FBX421552621.1e-75254.5
LXL04_038939PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC71712616.7e-79265.0
LXL04_038939PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR11712984e-45155.0
LXL04_038939PF13854.13Kelch_HCF1722031.3e-34120.8
LXL04_038939PF13418.13Beta-prop_TYW41813696.3e-1349.9
LXL04_038939PF01344.32Kelch_11852261.2e-29102.2
LXL04_038939PF07646.22Kelch_21852301.8e-2381.9
LXL04_038939PF13415.13Beta-prop_FBX421863621.1e-75254.5
LXL04_038939PF13854.13Kelch_HCF2073621.3e-34120.8
LXL04_038939PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC72434676.7e-79265.0
LXL04_038939PF24996.1NANM2654696.1e-1142.5
LXL04_038939PF01344.32Kelch_12933331.2e-29102.2
LXL04_038939PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR13064784e-45155.0
LXL04_038939PF13415.13Beta-prop_FBX423444941.1e-75254.5
LXL04_038939PF13854.13Kelch_HCF3564121.3e-34120.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MA55拟南芥Acyl-CoA-binding domain-containing protein 470.833%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8RWD9拟南芥Acyl-CoA-binding domain-containing protein 564.785%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q75LJ4水稻Acyl-CoA-binding domain-containing protein 666.667%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q10AZ7水稻Protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 331.408%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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