LXL04_038937 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038937

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53661137-53665269 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3021 bp · LXL04_038937|LXL04_038937|OH1004|cDNA

ATGATGGACAGCGATATTGAATTAGGGGATAGTACAAACCCTAAGGTAGAATCGGAATCATTTCTTGATGGTAGTAGCTCAGAGAATAGAGTAGATTCGGCATCTATACATTTAACTGGTCCCTCCGACAGCTCTACAGTTGTGCAGGGTGTTGAAAGTGTTGTTGCAGAAGGCAGCGTGGATAGTGTTTCGGCGGAAGGAAATGTTAGCGATGTAGATAATAGGAAAGCTTGCGATTCCAGCAAATTAGGTGTTTCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3021 bp · LXL04_038937|LXL04_038937|OH1004|CDS

ATGATGGACAGCGATATTGAATTAGGGGATAGTACAAACCCTAAGGTAGAATCGGAATCATTTCTTGATGGTAGTAGCTCAGAGAATAGAGTAGATTCGGCATCTATACATTTAACTGGTCCCTCCGACAGCTCTACAGTTGTGCAGGGTGTTGAAAGTGTTGTTGCAGAAGGCAGCGTGGATAGTGTTTCGGCGGAAGGAAATGTTAGCGATGTAGATAATAGGAAAGCTTGCGATTCCAGCAAATTAGGTGTTTCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1006 aa · LXL04_038937|LXL04_038937|OH1004|PROTEIN

MMDSDIELGDSTNPKVESESFLDGSSSENRVDSASIHLTGPSDSSTVVQGVESVVAEGSVDSVSAEGNVSDVDNRKACDSSKLGVSETHDKDVSSDRNHGSVKRMKNEQKKGQRRKETKSKESTSPAYDSMLSMFDDFAANGSEVRSSIEESPGHGYEVGDMVWGKVKSHPWWPGHVFSEEFATTSVRRSKREGLLLVAFFGDSSYGWFDPSELMPFESNYAEKSRQTNSKTFVKAVEEAMDEVSRRSALGLSCMCRSKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038937`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038937

位置 Chr09:53661137-53665269 (-)

描述 Similar to Dnmt3a: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27650`	与PDP2、PDP3和PDP6一起，与MSI4/FVE和MSI5相互作用，通过调节PRC2复合物的功能和调控H3K27me3水平抑制FLC、MAF4和MAF5的表达，从而促进开花。	暂无已核实直接文献
`At3g05430`	可能通过调节 PRC2 复合物的功能和调控 H3K27me3 水平来影响基因表达。	暂无已核实直接文献
`At5g02950`	可能通过调节 PRC2 复合物的功能和调控 H3K27me3 水平来影响基因表达。	暂无已核实直接文献
`At3g09670`	与 PDP1、PDP3 和 PDP6 一起，通过调节 PRC2 复合物的功能和调控 H3K27me3 水平，与 MSI4/FVE 和 MSI5 相互作用，以抑制 FLC、MAF4 和 MAF5 的表达，从而促进开花。	暂无已核实直接文献
`At5g40340`	与 PDP1、PDP2 和 PDP6 一起，与 MSI4/FVE 和 MSI5 相互作用，通过调节 PRC2 复合体功能和调控 H3K27me3 水平抑制 FLC、MAF4 和 MAF5 的表达，从而促进开花。	Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038937 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0035098 ESC/E(Z) complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05430

ath:AT5G02950

ath:AT5G27650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.975

排名 1 · LXL04_038937 · OH-1004

细胞质0.060

排名 2 · LXL04_038937 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_038937 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_038937 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_038937 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00855.24PWWP160-244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038937	`PF00855.24`	PWWP	160	244	4.5e-20	72.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K4D6`	拟南芥	PWWP domain-containing protein 1	38.985%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9MA56`	拟南芥	PWWP domain-containing protein 4	41.538%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYZ0`	拟南芥	PWWP domain-containing protein 5	30.612%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SF36`	拟南芥	PWWP domain-containing protein 2	28.736%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FNE4`	拟南芥	PWWP domain-containing protein 3	46.078%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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