LXL04_038927 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038927

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53524711-53529082 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2862 bp · LXL04_038927|LXL04_038927|OH1004|cDNA

ATGAGAAATCTGACGGCATTTTTCTTAACCATCTTTAACCATCTTAAGAAGCTACTAGTTCAGTGGTTTTGGTTGAAGAGATTGCAAGAAGTTATATTTCCGACCCCGTCAATGGAGTTCTTGACCCCATTAATGATGATGAACGACAACGAAGATTTTCAGACTCAGACACTCGATGACTTGAGCATCCGAAAGAGAAACCTTACAAATAACATCATACATAACCACAACTTTTCTAATGGTTTGCATTCATGGCATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2862 bp · LXL04_038927|LXL04_038927|OH1004|CDS

ATGAGAAATCTGACGGCATTTTTCTTAACCATCTTTAACCATCTTAAGAAGCTACTAGTTCAGTGGTTTTGGTTGAAGAGATTGCAAGAAGTTATATTTCCGACCCCGTCAATGGAGTTCTTGACCCCATTAATGATGATGAACGACAACGAAGATTTTCAGACTCAGACACTCGATGACTTGAGCATCCGAAAGAGAAACCTTACAAATAACATCATACATAACCACAACTTTTCTAATGGTTTGCATTCATGGCATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

953 aa · LXL04_038927|LXL04_038927|OH1004|PROTEIN

MRNLTAFFLTIFNHLKKLLVQWFWLKRLQEVIFPTPSMEFLTPLMMMNDNEDFQTQTLDDLSIRKRNLTNNIIHNHNFSNGLHSWHANCCDVFLVSPSVGNSEPKACEHHHHAVVTNRNEHWQGLEQDITTRVSSGSTYTVVARVGVSGMHLEKDADVIATLRLEYQHSETKYLFITKTVVSKEKWENLEGTFVLSDKPKRVVFYLEGPAPGVNLLIESVSIYGDGQTEGCVYNQEGNIILNPEFEDGVNNWSGRGCKVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038927`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038927

位置 Chr09:53524711-53529082 (-)

描述 Similar to XYN1: Endo-1,4-beta-xylanase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g58370`	结合并水解不溶性和可溶性木聚糖底物（通过相似性推测）。	A xylanase, AtXyn1, is predominantly expressed in vascular bundles, and four putative xylanase genes were identified in the Arabidopsis thaliana genome.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf088
`At1g10050`	与不溶性和可溶性木聚糖底物结合并水解它们。	暂无已核实直接文献
`At4g08160`	与不溶性和可溶性木聚糖底物结合并水解它们。	暂无已核实直接文献
`At2g14690`	与不溶性和可溶性木聚糖底物结合并水解它们。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038927 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045493 xylan catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0031176 endo-1,4-beta-xylanase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10050

ath:AT1G58370

ath:AT4G08160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.195

排名 1 · LXL04_038927 · OH-1004

细胞外0.168

排名 2 · LXL04_038927 · OH-1004

溶酶体／液泡0.162

排名 3 · LXL04_038927 · OH-1004

细胞膜0.148

排名 4 · LXL04_038927 · OH-1004

内质网0.146

排名 5 · LXL04_038927 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02018.24CBM_4_970-211 aa

PF02018.24CBM_4_9237-375 aa

PF02018.24CBM_4_9409-552 aa

PF00331.27Glyco_hydro_10609-867 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038927	`PF02018.24`	CBM_4_9	70	211	1.6e-64	217.1
LXL04_038927	`PF02018.24`	CBM_4_9	237	375	1.6e-64	217.1
LXL04_038927	`PF02018.24`	CBM_4_9	409	552	1.6e-64	217.1
LXL04_038927	`PF00331.27`	Glyco_hydro_10	609	867	8.5e-45	154.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1P8AWH8`	拟南芥	Endo-1,4-beta-xylanase 1	66.118%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80596`	拟南芥	Endo-1,4-beta-xylanase 2	58.553%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JG10`	拟南芥	Endo-1,4-beta-xylanase 3	65.612%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q680B7`	拟南芥	Endo-1,4-beta-xylanase 4	31.971%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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