LXL04_038901 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038901

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 52887139-52890585 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1272 bp · LXL04_038901|LXL04_038901|OH1004|cDNA

ATGGGGTTGGAGGATGCAGATCTCGTAGATGATGGAGATGCTGCCGGAGGAGGAAAAGCTGCTTTGTCGGTTTCATGCTCGATTTGCCTCGAGGTTGTCACCGATAACGGAGATCGTGCTTGGGCAAAGCTCCAATGCGGCCATCAATTTCATCTAGATTGCATTGGGTCTGCATTTAATGTGAAGGGAGTGATGCAATGTCCCAACTGTAGGAAAATTGAGAAAGGTCAATGGCTTTATGCAAATGGGTGTCGACCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · LXL04_038901|LXL04_038901|OH1004|CDS

ATGGGGTTGGAGGATGCAGATCTCGTAGATGATGGAGATGCTGCCGGAGGAGGAAAAGCTGCTTTGTCGGTTTCATGCTCGATTTGCCTCGAGGTTGTCACCGATAACGGAGATCGTGCTTGGGCAAAGCTCCAATGCGGCCATCAATTTCATCTAGATTGCATTGGGTCTGCATTTAATGTGAAGGGAGTGATGCAATGTCCCAACTGTAGGAAAATTGAGAAAGGTCAATGGCTTTATGCAAATGGGTGTCGACCATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

423 aa · LXL04_038901|LXL04_038901|OH1004|PROTEIN

MGLEDADLVDDGDAAGGGKAALSVSCSICLEVVTDNGDRAWAKLQCGHQFHLDCIGSAFNVKGVMQCPNCRKIEKGQWLYANGCRPYPEFSMDDWTHDEDLYDLSYSESSMWCPFGGFTRLAASFDEGEFPTTAYHDIVGQHAIFTEHAAVSSATHLCPYIAYVQPVHPSSSSSTSSASVGDGGGGGGGSGPYNTNNQWNNNNNHSQSASSDMANSYGLPSMAMDVRYHTLFPASTARVDQPSISSVMSRRPVRSNPNAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038901`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038901

位置 Chr09:52887139-52890585 (+)

描述 Similar to RFI2: E3 ubiquitin-protein ligase RFI2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47700`	调节由光敏色素（phyA 和 phyB）控制的幼苗褪绿反应，例如对红光和远红光的下胚轴延长反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0350900`	作为E3连接酶，促进SPL14/IPA1的多泛素化，从而进行后续的蛋白酶体降解。	Tissue-Specific Ubiquitination by IPA1 INTERACTING PROTEIN1 Modulates IPA1 Protein Levels to Regulate Plant Architecture in Rice.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00879

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048450 floral organ structural organization 生物过程

GO:0080050 regulation of seed development 生物过程

GO:0090227 regulation of red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47700

dosa:Os01g0350900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.707

排名 1 · LXL04_038901 · OH-1004

细胞质0.379

排名 2 · LXL04_038901 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 3 · LXL04_038901 · OH-1004

内质网0.053

排名 4 · LXL04_038901 · OH-1004

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · LXL04_038901 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_225-71 aa

PF17123.12zf-RING_1126-55 aa

PF00097.32zf-C3HC426-70 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038901	`PF13639.13`	zf-RING_2	25	71	4.2e-08	34.0
LXL04_038901	`PF17123.12`	zf-RING_11	26	55	3.4e-07	30.6
LXL04_038901	`PF00097.32`	zf-C3HC4	26	70	2e-06	28.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82239`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RFI2	40.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5Z8R1`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase IPI1	56.173%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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