LXL04_038834 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038834

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 51630439-51633256 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1821 bp · LXL04_038834|LXL04_038834|OH1004|cDNA

ATGTCGTCATCCGATGAACAAATAGGAGCGTCAATTGATCGTATTACGACTCATTTACTAGAACAATTACAAAATTCATCGCCAAGCCGCGGGCCTCGTTTACAGAGAAGATATATTGATCGGGGAAGAGCGGATGCCGAACAATGTCTCTTTAGGGATTATTTTGCTGAAAATCCCACATATCCAGAGTATAAATTCCGACGTCGGTTTCGCATGCGCAAATCATTGTTTTTGAAGATTGTTGGAGACATGGAGGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1821 bp · LXL04_038834|LXL04_038834|OH1004|CDS

ATGTCGTCATCCGATGAACAAATAGGAGCGTCAATTGATCGTATTACGACTCATTTACTAGAACAATTACAAAATTCATCGCCAAGCCGCGGGCCTCGTTTACAGAGAAGATATATTGATCGGGGAAGAGCGGATGCCGAACAATGTCTCTTTAGGGATTATTTTGCTGAAAATCCCACATATCCAGAGTATAAATTCCGACGTCGGTTTCGCATGCGCAAATCATTGTTTTTGAAGATTGTTGGAGACATGGAGGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

606 aa · LXL04_038834|LXL04_038834|OH1004|PROTEIN

MSSSDEQIGASIDRITTHLLEQLQNSSPSRGPRLQRRYIDRGRADAEQCLFRDYFAENPTYPEYKFRRRFRMRKSLFLKIVGDMEASHDYFKQRRSASGMLGFHPIQRCTAVLRMLAYGTHPDALDESIRMSARVAKYLQRVQIVRSREIHGDLRRHLVDHLWTVDHLDLNMDPVDEYEDWARRNGNSSSNTLSFYRVTPSITFNLIWILCINLSAKLKKKMRARTERDEVSKDLSVWLTKPLCFLIVFVIGIVIGLVSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038834`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038834

位置 Chr09:51630439-51633256 (-)

描述 Similar to BC10: Glycosyltransferase BC10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0170000`	糖基转移酶，需用于调节细胞壁中纤维素的生物合成。	BC10, a DUF266-containing and Golgi-located type II membrane protein, is required for cell-wall biosynthesis in rice (Oryza sativa L.).2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03703.x A Novel FC116/BC10 Mutation Distinctively Causes Alteration in the Expression of the Genes for Cell Wall Polymer Synthesis in Rice.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.01366

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038834 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os05g0170000

osa:4337935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.504

排名 1 · LXL04_038834 · OH-1004

内质网0.217

排名 2 · LXL04_038834 · OH-1004

细胞核0.101

排名 3 · LXL04_038834 · OH-1004

细胞膜0.097

排名 4 · LXL04_038834 · OH-1004

细胞质0.082

排名 5 · LXL04_038834 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28509.1DUF841848-84 aa

PF02485.28Branch353-564 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038834	`PF28509.1`	DUF8418	48	84	2.8e-18	66.1
LXL04_038834	`PF02485.28`	Branch	353	564	2.4e-70	237.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q65XS5`	水稻	Glycosyltransferase BC10	33.754%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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