LXL04_038766 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038766

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 49976953-49981323 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1698 bp · LXL04_038766|LXL04_038766|OH1004|cDNA

ATGGAGTCTGGAGCAGCAGATATGATTGGTGATACCGTCAAACTTCTACTTAAATGTAAAGAAAATGGAGAGGTTCTTAACAAACAAGCGCCACCATCAATTTACATGGTTCCTACTATGCTCCGAGATCTCAGTCCAAGTTCTTTTACCCCTACGGTGGTCGCTATTGGCCCTCTTCACAGCCAAGATGAACATCTGCAAGAATTTGAAGTTCAGAAAACTGCTTATTTCCATAAGTGGTTGCATCGTTTGGGTATTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · LXL04_038766|LXL04_038766|OH1004|CDS

ATGGAGTCTGGAGCAGCAGATATGATTGGTGATACCGTCAAACTTCTACTTAAATGTAAAGAAAATGGAGAGGTTCTTAACAAACAAGCGCCACCATCAATTTACATGGTTCCTACTATGCTCCGAGATCTCAGTCCAAGTTCTTTTACCCCTACGGTGGTCGCTATTGGCCCTCTTCACAGCCAAGATGAACATCTGCAAGAATTTGAAGTTCAGAAAACTGCTTATTTCCATAAGTGGTTGCATCGTTTGGGTATTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

565 aa · LXL04_038766|LXL04_038766|OH1004|PROTEIN

MESGAADMIGDTVKLLLKCKENGEVLNKQAPPSIYMVPTMLRDLSPSSFTPTVVAIGPLHSQDEHLQEFEVQKTAYFHKWLHRLGINDDPEKTLRNYVEKVIHSIEGIKACYAGVMTYTDSELAKMMVIDACFILEFIQSHFILSGTLSGPNILIAQSIYLDILLIENQIPFFVLKIIFDCTILASGPMTDGSSLAKYIEVLVSGYYFIEEHVVEPDALSPDPDHILGFLHKYFQPAEPMPPTSPSSTKRHTAMELDRAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038766`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038766

位置 Chr09:49976953-49981323 (+)

描述 Similar to BOP1: Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g40360`	需要用于核糖体RNA的成熟和大核糖体亚基的形成（通过相似性）。	Analysis of Block of cell proliferation 1 (BOP1) activity in strawberry and Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.01.002

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0435400`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0007276 gamete generation 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40360

dosa:Os07g0435400

mbr:MONBRDRAFT_37129

mmu:12181

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.803

排名 1 · LXL04_038766 · OH-1004

细胞质0.129

排名 2 · LXL04_038766 · OH-1004

内质网0.070

排名 3 · LXL04_038766 · OH-1004

细胞核0.065

排名 4 · LXL04_038766 · OH-1004

溶酶体／液泡0.033

排名 5 · LXL04_038766 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03140.21DUF24734-431 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd448-563 aa

PF24814.2WD40_Prp19450-562 aa

PF00400.39WD40472-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038766	`PF03140.21`	DUF247	34	431	6.3e-90	303.1
LXL04_038766	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	448	563	5.1e-06	26.6
LXL04_038766	`PF24814.2`	WD40_Prp19	450	562	6.2e-08	32.7
LXL04_038766	`PF00400.39`	WD40	472	508	2.5e-12	47.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IH25`	拟南芥	Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog	78.261%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0D6V7`	水稻	Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog	80.702%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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