LXL04_038714 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038714

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 48624133-48626620 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1287 bp · LXL04_038714|LXL04_038714|OH1004|cDNA

atgaagatggaGGCCGAAAAGGACACAAATCTTGAACACAAGGAGGATGAAAAAGGGGATGAAGAAACAAGAGTCGACATAGAGGATTCAAGGGGGGAAATAGTTGAGAGGTTGGTTAACGAAGAGTACAAAATTTGGAAAAAAGAAACTCCATTTTTGTACgatttggtcatttcacatgcACTTGAGTGGCCTTCACTCACAGTCGAGTGGATCCCTGACCGGGTAGAATCTTCAGACAAGGGCGTATCCGTCCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1287 bp · LXL04_038714|LXL04_038714|OH1004|CDS

ATGAAGATGGAGGCCGAAAAGGACACAAATCTTGAACACAAGGAGGATGAAAAAGGGGATGAAGAAACAAGAGTCGACATAGAGGATTCAAGGGGGGAAATAGTTGAGAGGTTGGTTAACGAAGAGTACAAAATTTGGAAAAAAGAAACTCCATTTTTGTACGATTTGGTCATTTCACATGCACTTGAGTGGCCTTCACTCACAGTCGAGTGGATCCCTGACCGGGTAGAATCTTCAGACAAGGGCGTATCCGTCCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

428 aa · LXL04_038714|LXL04_038714|OH1004|PROTEIN

MKMEAEKDTNLEHKEDEKGDEETRVDIEDSRGEIVERLVNEEYKIWKKETPFLYDLVISHALEWPSLTVEWIPDRVESSDKGVSVQKLIFGTHTTDNEPNYLVISEVKLPLFDVDYDSSDNEDDCVGRKIEVVQQIYHEGEVHRARYMPQNYSIIATKSVHSDVFVFASEFHPIKPFPDENETCNPDLRLRGHENDGFGLSWSKFKEGWLLSGSYDGKICMWDINGTPEDQAMDAMQVYKVHNAPVEDVAWSLRHDYLFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038714`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038714

位置 Chr09:48624133-48626620 (-)

描述 Similar to MSI1: WD-40 repeat-containing protein MSI1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58230`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Arabidopsis MSI1 is required for epigenetic maintenance of reproductive development.2003 · DOI: 10.1242/dev.00470 Arabidopsis MSI1 is a component of the MEA/FIE Polycomb group complex and required for seed development.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg444 Identification of new members of Fertilisation Independent Seed Polycomb Group pathway involved in the control of seed development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1242/dev.01168 Loss of function of MULTICOPY SUPPRESSOR OF IRA 1 produces nonviable parthenogenetic embryos in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.066 Chromatin assembly factor CAF-1 is required for cellular differentiation during plant development.2006 · DOI: 10.1242/dev.02599 Retinoblastoma and its binding partner MSI1 control imprinting in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0060194

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0640100`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038714 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007307 eggshell chorion gene amplification 生物过程

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007379 segment specification 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G58230

ddi:DDB_G0282529

dme:Dmel_CG4236

dosa:Os03g0640100

sly:543534

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.793

排名 1 · LXL04_038714 · OH-1004

细胞质0.356

排名 2 · LXL04_038714 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_038714 · OH-1004

线粒体0.021

排名 4 · LXL04_038714 · OH-1004

内质网0.016

排名 5 · LXL04_038714 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265.15CAF1C_H4-bd41-110 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz127-263 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1137-275 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd141-229 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st180-275 aa

PF25391.2WD40_Gbeta190-363 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd194-351 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3199-299 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038714	`PF12265.15`	CAF1C_H4-bd	41	110	1.2e-28	99.8
LXL04_038714	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	127	263	1.8e-28	100.4
LXL04_038714	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	137	275	8.9e-19	68.4
LXL04_038714	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	141	229	4.8e-18	66.3
LXL04_038714	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	180	275	1.4e-20	74.4
LXL04_038714	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	190	363	4.4e-09	36.5
LXL04_038714	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	194	351	4e-10	40.2
LXL04_038714	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	199	299	2.3e-30	106.2
LXL04_038714	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	206	420	7.5e-10	39.1
LXL04_038714	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	209	374	1.1e-15	58.4
LXL04_038714	`PF24796.2`	WDR55	209	376	8e-13	48.8
LXL04_038714	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	209	420	5.9e-08	33.0
LXL04_038714	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	210	401	6.4e-13	49.2
LXL04_038714	`PF24814.2`	WD40_Prp19	212	275	2.8e-17	63.4
LXL04_038714	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	233	317	8e-18	65.6
LXL04_038714	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	234	365	5.3e-27	95.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22467`	拟南芥	Histone-binding protein MSI1	64.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10G81`	水稻	Histone-binding protein MSI1	64.250%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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