LXL04_038701 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038701

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 48329951-48334622 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2166 bp · LXL04_038701|LXL04_038701|OH1004|cDNA

ATGGCGACGCCGAAGCAGGCGGAGAACGGCGGCGAATGGGAAAGCCAGTCCAGGTTATACGAGGCCTACAACGACCTGCACGGACTAGCACAAGAGTTCGAGACCCCGTTCGATGCACCAGCGGTGCTAGTCGTCGGACACCAAACAGATGGTAAGAGCGCCCTCGTGGAAGCCCTAATGGGATTCCAATTCAACCACGTTGGCGGTGGCACTAAGACCCGCCGTCCTATTACTCTACACATGAGGTTCAACCCTGAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2166 bp · LXL04_038701|LXL04_038701|OH1004|CDS

ATGGCGACGCCGAAGCAGGCGGAGAACGGCGGCGAATGGGAAAGCCAGTCCAGGTTATACGAGGCCTACAACGACCTGCACGGACTAGCACAAGAGTTCGAGACCCCGTTCGATGCACCAGCGGTGCTAGTCGTCGGACACCAAACAGATGGTAAGAGCGCCCTCGTGGAAGCCCTAATGGGATTCCAATTCAACCACGTTGGCGGTGGCACTAAGACCCGCCGTCCTATTACTCTACACATGAGGTTCAACCCTGAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

721 aa · LXL04_038701|LXL04_038701|OH1004|PROTEIN

MATPKQAENGGEWESQSRLYEAYNDLHGLAQEFETPFDAPAVLVVGHQTDGKSALVEALMGFQFNHVGGGTKTRRPITLHMRFNPECDSPLCHLISDSDSCVPQEKSLREIQEYIEAENMRLEHETCQFSSKEIIIRVEYKYCPNLTIIDTPGLIAPAPGRKNRALQAQSRAVESLVRAKMQHKEFIVLCLEDCNDWSNATTRRVVMQIDPELSRTVVVSTKLDTKIPQFARASDVEVFLSPPASVLDGFMLGDSPFFTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038701`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038701

位置 Chr09:48329951-48334622 (-)

描述 Similar to ARC5: Dynamin-like protein ARC5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19720`	质体和过氧化物酶体分裂机械的机械化学 GTP 酶成分。	The distinctive roles of five different ARC genes in the chloroplast division process in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00500.x A Genetic Analysis of Chloroplast Division and Expansion in Arabidopsis thaliana.1994 · DOI: 10.1104/pp.104.1.201 ARC5, a cytosolic dynamin-like protein from plants, is part of the chloroplast division machinery.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0530206100 Effects of arc3, arc5 and arc6 mutations on plastid morphology and stromule formation in green and nongreen tissues of Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1751-1097.2008.00437.x The Arabidopsis chloroplast division protein DYNAMIN-RELATED PROTEIN5B also mediates peroxisome division.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071324 The Arabidopsis arc5 and arc6 mutations differentially affect plastid morphology in pavement and guard cells in the leaf epidermis.2018 · DOI: 10.1371/journal.pone.0192380 PDV1 and PDV2 Differentially Affect Remodeling and Assembly of the Chloroplast DRP5B Ring.2020 · DOI: 10.1104/pp.19.01490 Characterization of chloroplast division using the Arabidopsis mutant arc5.1996 · DOI: 10.1104/pp.112.1.149
`At1g53140`	可能的微管相关产生力蛋白，在细胞分裂期间靶向形成的细胞板。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0030835 negative regulation of actin filament depolymerization 生物过程

GO:0061952 midbody abscission 生物过程

GO:1905345 protein localization to cleavage furrow 生物过程

GO:0001891 phagocytic cup 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53140

ath:AT3G19720

ddi:DDB_G0268592

ddi:DDB_G0271628

ddi:DDB_G0285931

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · LXL04_038701 · OH-1004

细胞核0.267

排名 2 · LXL04_038701 · OH-1004

线粒体0.223

排名 3 · LXL04_038701 · OH-1004

细胞膜0.091

排名 4 · LXL04_038701 · OH-1004

过氧化物酶体0.072

排名 5 · LXL04_038701 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00350.30Dynamin_N42-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038701	`PF00350.30`	Dynamin_N	42	223	2e-33	116.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84N64`	拟南芥	Dynamin-like protein ARC5	76.502%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HPR5`	拟南芥	Dynamin-related protein 5A	29.565%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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