LXL04_038500 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038500

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 42519467-42523621 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1830 bp · LXL04_038500|LXL04_038500|OH1004|cDNA

atgtcggactcggtccgtggtccgaggcgtttgataggcgagtttgatgtcggactcggtccgtggtccgtggtccatgCGTTCATGGCGAAATCGGAACAAgcgtcttcatcatcttcgACGGTAGATTCTTCATCGCGGCCATGGGAGTCTTATCACACTGTTTATACTAATGCCAAAGCAGGTATGGATGGAGTTGATAAGGAAAAAGTACAAAGAGTAGTATATGAAATGAGCAAAGGTTCAAAGTATTTCGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1830 bp · LXL04_038500|LXL04_038500|OH1004|CDS

ATGTCGGACTCGGTCCGTGGTCCGAGGCGTTTGATAGGCGAGTTTGATGTCGGACTCGGTCCGTGGTCCGTGGTCCATGCGTTCATGGCGAAATCGGAACAAGCGTCTTCATCATCTTCGACGGTAGATTCTTCATCGCGGCCATGGGAGTCTTATCACACTGTTTATACTAATGCCAAAGCAGGTATGGATGGAGTTGATAAGGAAAAAGTACAAAGAGTAGTATATGAAATGAGCAAAGGTTCAAAGTATTTCGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

609 aa · LXL04_038500|LXL04_038500|OH1004|PROTEIN

MSDSVRGPRRLIGEFDVGLGPWSVVHAFMAKSEQASSSSSTVDSSSRPWESYHTVYTNAKAGMDGVDKEKVQRVVYEMSKGSKYFENEERKEAYMKQKIDNMRDLREKLKAPDISHYQRVADKRIAQLEATRDLSKIWLHVDMDAFYAAVETLSNPSLKGRPMAVGSMSMISTANYEARKFGVRAAMPGFIACKLCPDLIFVPTDFKKYTYYSDLTRKVYHEYDPNFTAASLDEAYLDITKVCKERDLTGEKVAEELREN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038500`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038500

位置 Chr09:42519467-42523621 (-)

描述 Similar to POLK: DNA polymerase kappa

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49980`	特异性参与DNA修复的模板引导低保真度DNA聚合酶。	Arabidopsis thaliana AtPOLK encodes a DinB-like DNA polymerase that extends mispaired primer termini and is highly expressed in a variety of tissues.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02112.x The noncatalytic C-terminus of AtPOLK Y-family DNA polymerase affects synthesis fidelity, mismatch extension and translesion replication.2007 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2007.05868.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038500 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009432 SOS response 生物过程

GO:0019985 translesion synthesis 生物过程

GO:0042276 error-prone translesion synthesis 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0070987 error-free translesion synthesis 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49980

cel:CELE_F22B7.6

spo:2539547

tte:TTE0254

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.913

排名 1 · LXL04_038500 · OH-1004

细胞质0.169

排名 2 · LXL04_038500 · OH-1004

线粒体0.051

排名 3 · LXL04_038500 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_038500 · OH-1004

高尔基体0.007

排名 5 · LXL04_038500 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00817.26IMS141-285 aa

PF11799.14IMS_C366-468 aa

PF18439.8zf_UBZ527-561 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038500	`PF00817.26`	IMS	141	285	3.8e-48	163.9
LXL04_038500	`PF11799.14`	IMS_C	366	468	1.5e-19	71.1
LXL04_038500	`PF18439.8`	zf_UBZ	527	561	4.2e-08	33.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6JDV7`	拟南芥	DNA polymerase kappa	70.122%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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