LXL04_038379 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038379

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 39054719-39055078 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · LXL04_038379|LXL04_038379|OH1004|cDNA

ATGGTTCCGTTTCTGAAATCCATCGTATACGGAGATGACGCACCGTTATCTTTCTTGACGGACAGTCTAATCATAGTCGCCGGAGCAATGGTGCCGTCGGTGATGCTGGTTCTTGGAGGAATGATAGCTGAAGGTCCAAACGAATCTAAATTAGGATTACGAACTACAGTCGGGATTTTAGTCGCGATGCTTTTGATTCTTCCGATGGTGGGAATCGGCGTCGTGTTCTTGGCGGATAAATTGAATTTTCTGATTGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · LXL04_038379|LXL04_038379|OH1004|CDS

ATGGTTCCGTTTCTGAAATCCATCGTATACGGAGATGACGCACCGTTATCTTTCTTGACGGACAGTCTAATCATAGTCGCCGGAGCAATGGTGCCGTCGGTGATGCTGGTTCTTGGAGGAATGATAGCTGAAGGTCCAAACGAATCTAAATTAGGATTACGAACTACAGTCGGGATTTTAGTCGCGATGCTTTTGATTCTTCCGATGGTGGGAATCGGCGTCGTGTTCTTGGCGGATAAATTGAATTTTCTGATTGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · LXL04_038379|LXL04_038379|OH1004|PROTEIN

MVPFLKSIVYGDDAPLSFLTDSLIIVAGAMVPSVMLVLGGMIAEGPNESKLGLRTTVGILVAMLLILPMVGIGVVFLADKLNFLIEGDRMFQFVLLLQYTTTSAILFGMISSLRGYAVS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038379`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038379

位置 Chr09:39054719-39055078 (-)

描述 Similar to PILS2: Protein PIN-LIKES 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71090`	通过调节生长素代谢参与细胞生长素稳态。	暂无已核实直接文献
`At5g01990`	通过调节生长素代谢参与细胞生长素稳态。	暂无已核实直接文献
`At1g76520`	通过调节生长素代谢参与细胞生长素稳态。	暂无已核实直接文献
`At2g17500`	通过调节生长素代谢参与细胞生长素稳态。	暂无已核实直接文献
`At1g20925`	通过调节生长素代谢参与细胞生长素稳态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038379 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0040009 regulation of growth rate 生物过程

GO:0080162 endoplasmic reticulum to cytosol auxin transport 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0010329 auxin efflux transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20925

ath:AT1G71090

ath:AT1G76520

ath:AT2G17500

ath:AT5G01990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.389

排名 1 · LXL04_038379 · OH-1004

细胞膜0.263

排名 2 · LXL04_038379 · OH-1004

溶酶体／液泡0.184

排名 3 · LXL04_038379 · OH-1004

高尔基体0.120

排名 4 · LXL04_038379 · OH-1004

细胞质0.072

排名 5 · LXL04_038379 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03547.24Mem_trans2-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038379	`PF03547.24`	Mem_trans	2	117	8.9e-14	51.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C999`	拟南芥	Protein PIN-LIKES 2	71.795%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZN2`	拟南芥	Protein PIN-LIKES 6	47.368%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9K5`	拟南芥	Protein PIN-LIKES 3	36.937%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHL8`	拟南芥	Protein PIN-LIKES 5	31.897%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4HWB6`	拟南芥	Protein PIN-LIKES 1	32.743%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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