LXL04_038219 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038219

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 34531279-34536581 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2466 bp · LXL04_038219|LXL04_038219|OH1004|cDNA

ATGGCGGACCACGGTGGCGGAGGAGGATGTTGTCCACCGATGGATCTGTTCCGTTCAGAACCGATGCACTTGGTACAAATCATCATTCCTATTGAGTCAGCTCACTTGACTGCCTCTTACCTGGGTGATATCGGCCTCATTCAATTCAAAGATCTGAATGCAGACAAAAGCCCTTTTCAACGAACATATGCTGGCCAGATTAAAAGATGCGGAGAAATGGCACGGAAATTGCGTTACTTCAAAGAACAAATGTCAAAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2466 bp · LXL04_038219|LXL04_038219|OH1004|CDS

ATGGCGGACCACGGTGGCGGAGGAGGATGTTGTCCACCGATGGATCTGTTCCGTTCAGAACCGATGCACTTGGTACAAATCATCATTCCTATTGAGTCAGCTCACTTGACTGCCTCTTACCTGGGTGATATCGGCCTCATTCAATTCAAAGATCTGAATGCAGACAAAAGCCCTTTTCAACGAACATATGCTGGCCAGATTAAAAGATGCGGAGAAATGGCACGGAAATTGCGTTACTTCAAAGAACAAATGTCAAAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

821 aa · LXL04_038219|LXL04_038219|OH1004|PROTEIN

MADHGGGGGCCPPMDLFRSEPMHLVQIIIPIESAHLTASYLGDIGLIQFKDLNADKSPFQRTYAGQIKRCGEMARKLRYFKEQMSKAGLTPTPKTESQGDINLDDLEVKLGDLEAELIEVNANSEKLQRGYNELVEYKLVLQKAGEFFRTAESSVVAQHRELASDEIPEESLETPLLTDQETKTDQGKQVKLGVLAGLVAKGKSMAFERILFRATRGNVFLRQSSVDEAVVDPSSGEKVEKNVFLVFYSGERAKNKVLKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038219`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038219

位置 Chr09:34531279-34536581 (+)

描述 Similar to VHA-a2: V-type proton ATPase subunit a2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21410`	液泡质子泵的重要组成部分，V-ATPase 是一种催化质子跨膜易位的多聚酶。	Arabidopsis V-ATPase activity at the tonoplast is required for efficient nutrient storage but not for sodium accumulation.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913035107
`At4g39080`	液泡质子泵的重要组成部分，V-ATPase 是一种催化质子跨膜易位的多聚酶。	Arabidopsis V-ATPase activity at the tonoplast is required for efficient nutrient storage but not for sodium accumulation.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913035107
`At2g28520`	液泡质子泵的重要组成部分，V-ATPase 是一种催化质子跨膜易位的多聚酶。	Reduced V-ATPase activity in the trans-Golgi network causes oxylipin-dependent hypocotyl growth Inhibition in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058362

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038219 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001503 ossification 生物过程

GO:0006885 regulation of pH 生物过程

GO:0007035 vacuolar acidification 生物过程

GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程

GO:0070070 proton-transporting V-type ATPase complex assembly 生物过程

GO:0097254 renal tubular secretion 生物过程

GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0000220 vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21410

ath:AT2G28520

ath:AT4G39080

mmu:140494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.358

排名 1 · LXL04_038219 · OH-1004

高尔基体0.278

排名 2 · LXL04_038219 · OH-1004

细胞质0.221

排名 3 · LXL04_038219 · OH-1004

溶酶体／液泡0.180

排名 4 · LXL04_038219 · OH-1004

细胞膜0.170

排名 5 · LXL04_038219 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01496.25V_ATPase_I40-813 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038219	`PF01496.25`	V_ATPase_I	40	813	5.9e-303	1007.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJT7`	拟南芥	V-type proton ATPase subunit a2	76.238%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W4S4`	拟南芥	V-type proton ATPase subunit a3	76.601%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RWZ7`	拟南芥	V-type proton ATPase subunit a1	63.445%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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