LXL04_038124 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038124

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 31865391-31866575 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

642 bp · LXL04_038124|LXL04_038124|OH1004|cDNA

ATGGCGAAGACAAAGCCTGGAAAGAAAGATTTAGATACTTACACTATCAAAGGAACCAACAAACTCGTTAGACCTGGAGACTGTGTGTTGATGAGGCCTGCTGATTCCGATAAGCCACCGTACGTAGCGCGTGTGGAGAAGCTGGAGGCTGATCACCGGAACAATGTGAAGGTGAGAGTTAGGTGGTATTACCGGCCAGAGGAGTCACTCGGAGGAAGACGCCAGTTTCACGGCGTTAAGGAGCTGTTTTTATCCGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · LXL04_038124|LXL04_038124|OH1004|CDS

ATGGCGAAGACAAAGCCTGGAAAGAAAGATTTAGATACTTACACTATCAAAGGAACCAACAAACTCGTTAGACCTGGAGACTGTGTGTTGATGAGGCCTGCTGATTCCGATAAGCCACCGTACGTAGCGCGTGTGGAGAAGCTGGAGGCTGATCACCGGAACAATGTGAAGGTGAGAGTTAGGTGGTATTACCGGCCAGAGGAGTCACTCGGAGGAAGACGCCAGTTTCACGGCGTTAAGGAGCTGTTTTTATCCGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

213 aa · LXL04_038124|LXL04_038124|OH1004|PROTEIN

MAKTKPGKKDLDTYTIKGTNKLVRPGDCVLMRPADSDKPPYVARVEKLEADHRNNVKVRVRWYYRPEESLGGRRQFHGVKELFLSDHYDMQSAHTIEGKCIVHSFKNYTKLDNVGTEDYFCRFEYKAATGGFTPDRVAVYCKCEMPYNPDDLMVQCEGCKDWFHPSCMGMTIEEAKKLEQFLCSDCSSDDDTKGFPISQSTEAKMEVKRRKQR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038124`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038124

位置 Chr09:31865391-31866575 (+)

描述 Similar to EBS: Chromatin remodeling protein EBS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22140`	染色质重塑因子，可结合甲基化组蛋白（例如H3K4me2/3）以防止其乙酰化（例如H3K9K14Ac），可能通过招募组蛋白去乙酰化酶（HDAC）复合体，从而调节靶基因的转录。	暂无已核实直接文献
`At4g39100`	染色质重塑因子，结合甲基化组蛋白（例如 H3K4me2/3）以防止其乙酰化（例如 H3K9K14Ac），可能通过招募组蛋白去乙酰化酶（HDAC）复合物，从而调控靶基因转录。	暂无已核实直接文献
`At4g04260`	染色质重塑因子，结合甲基化组蛋白（例如 H3K4me2/3）以防止其乙酰化（例如 H3K9K14Ac），可能通过招募组蛋白去乙酰化酶（HDAC）复合物，从而调控靶基因转录。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038124 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G04260

ath:AT4G22140

ath:AT4G39100

hsa:57597

mmu:268515

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919

排名 1 · LXL04_038124 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_038124 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_038124 · OH-1004

内质网0.023

排名 4 · LXL04_038124 · OH-1004

线粒体0.023

排名 5 · LXL04_038124 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01426.25BAH23-134 aa

PF30811.1PHD_UBR7-like139-188 aa

PF20826.3PHD_5139-186 aa

PF00628.36PHD141-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038124	`PF01426.25`	BAH	23	134	2.4e-25	89.5
LXL04_038124	`PF30811.1`	PHD_UBR7-like	139	188	3.2e-10	40.5
LXL04_038124	`PF20826.3`	PHD_5	139	186	9.8e-07	29.5
LXL04_038124	`PF00628.36`	PHD	141	186	2e-09	38.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JL28`	拟南芥	Chromatin remodeling protein EBS	75.799%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FEN9`	拟南芥	Chromatin remodeling protein SHL	61.792%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JGB7`	拟南芥	Chromatin remodeling protein At4g04260	63.256%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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