LXL04_037959 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037959

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 26900134-26903776 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2271 bp · LXL04_037959|LXL04_037959|OH1004|cDNA

ATGGATGATTCAGAGGGAACTGTTATCAATGCTCCTACAGCTGAAGAGATGGCTCTTAGTGGTTTCTTCTCCACATTCTTGGACGACAAATCATACAGTACAGCTGTAGCAGCAGTTATTGTCGCCATTGCTGTCCCACTGGTTCTTTCCTCCATGTTCATGGGGAAGAACAAGAAGGCGAAACAAAGAGGTGTTCCTGTTGAAGTAGGTGGTGAGCCAGGTTTTGCCATGCGTAATGCCAGATCAAGCAAACTAGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2271 bp · LXL04_037959|LXL04_037959|OH1004|CDS

ATGGATGATTCAGAGGGAACTGTTATCAATGCTCCTACAGCTGAAGAGATGGCTCTTAGTGGTTTCTTCTCCACATTCTTGGACGACAAATCATACAGTACAGCTGTAGCAGCAGTTATTGTCGCCATTGCTGTCCCACTGGTTCTTTCCTCCATGTTCATGGGGAAGAACAAGAAGGCGAAACAAAGAGGTGTTCCTGTTGAAGTAGGTGGTGAGCCAGGTTTTGCCATGCGTAATGCCAGATCAAGCAAACTAGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

756 aa · LXL04_037959|LXL04_037959|OH1004|PROTEIN

MDDSEGTVINAPTAEEMALSGFFSTFLDDKSYSTAVAAVIVAIAVPLVLSSMFMGKNKKAKQRGVPVEVGGEPGFAMRNARSSKLVEVPWEGATTMAALFEQSCKKHSQHRFLGTRKVVERDFITGSDGRKFEKLHLGEYQWETYGKTFERVSNFASGLIHLGHDPETRIAIFSDTRAEWFIAFQARSINILYLPPSFCYIGTLITSVLWFQGCFRQNITVVTIYASLGDDALIHSLNETKVSTLICDSKLMKKVASVSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037959`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037959

位置 Chr09:26900134-26903776 (+)

描述 Similar to LACS8: Long chain acyl-CoA synthetase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g04350`	激活长链脂肪酸以合成细胞脂质并通过 β-氧化进行降解。	暂无已核实直接文献
`At1g77590`	激活长链脂肪酸以合成细胞脂质并通过 β-氧化进行降解。	Fatty acid export from the chloroplast. Molecular characterization of a major plastidial acyl-coenzyme A synthetase from Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.003251

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001676 long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0007584 response to nutrient 生物过程

GO:0034379 very-low-density lipoprotein particle assembly 生物过程

GO:0035336 long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0035338 long-chain fatty-acyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0042998 positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程

GO:0044539 long-chain fatty acid import into cell 生物过程

GO:0051047 positive regulation of secretion 生物过程

GO:2001247 positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77590

ath:AT2G04350

hsa:2181

pon:100174659

rno:114024

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.475

排名 1 · LXL04_037959 · OH-1004

线粒体0.159

排名 2 · LXL04_037959 · OH-1004

细胞质0.150

排名 3 · LXL04_037959 · OH-1004

过氧化物酶体0.119

排名 4 · LXL04_037959 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 5 · LXL04_037959 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501.35AMP-binding136-186 aa

PF00501.35AMP-binding207-577 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037959	`PF00501.35`	AMP-binding	136	186	1.4e-78	265.1
LXL04_037959	`PF00501.35`	AMP-binding	207	577	1.4e-78	265.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJD4`	拟南芥	Long chain acyl-CoA synthetase 8	68.234%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAP8`	拟南芥	Long chain acyl-CoA synthetase 9, chloroplastic	63.357%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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