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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_037649
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 17088221-17092369 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2511 bp · LXL04_037649|LXL04_037649|OH1004|cDNA

ATGATAATGGAGAACTCGTCGGAATCCGGTTGTCAGAGGTCCGGCAGCTCGCGGGGGTTGAATTCTTCAGGCGTTTCAAACCGAATTCCTAGAATAACCCCTACAGGAGCTTTCAGATTCTCAGGCGACACAGATCATGATTCCGGAATCATACCAGGAActagaagaagaagagaaaaaTCCGTTTTACCTCAATCTAACCGCCTCGGAGCTCACTTCGGTTACTTCAGGGAAGACGAcggcaccggcaccggcaccgT...

CDS

下载 CDS FASTA

2511 bp · LXL04_037649|LXL04_037649|OH1004|CDS

ATGATAATGGAGAACTCGTCGGAATCCGGTTGTCAGAGGTCCGGCAGCTCGCGGGGGTTGAATTCTTCAGGCGTTTCAAACCGAATTCCTAGAATAACCCCTACAGGAGCTTTCAGATTCTCAGGCGACACAGATCATGATTCCGGAATCATACCAGGAACTAGAAGAAGAAGAGAAAAATCCGTTTTACCTCAATCTAACCGCCTCGGAGCTCACTTCGGTTACTTCAGGGAAGACGACGGCACCGGCACCGGCACCGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

836 aa · LXL04_037649|LXL04_037649|OH1004|PROTEIN

MIMENSSESGCQRSGSSRGLNSSGVSNRIPRITPTGAFRFSGDTDHDSGIIPGTRRRREKSVLPQSNRLGAHFGYFREDDGTGTGTVIRPVEAKDVSLRQWLDNTERVVDALECLHIFMQIVEIVNLAHSQGFVVHNVRPSCFVMSSFNRVSFIESVSCSDSGSDSCDDVSNNNNQTADFMGLCSSSGPDRGNQTQTQTQTSWLQSGSENLNTSNVDQAEDKKNRFPMKQILQMESNWYTSPEEAAGGHSSSASDVYRLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_037649
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_037649
位置Chr09:17088221-17092369 (+)
描述Similar to SPA3: Protein SPA1-RELATED 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g15354 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
At1g53090 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
At4g11110 参与抑制黑暗生长的幼苗的光形态建成。
The SPA quartet: a family of WD-repeat proteins with a central role in suppression of photomorphogenesis in arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024216
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
UniProt: Q9SYX2 控制正常光周期开花并调节昼夜节律。 暂无已核实直接文献
At2g32950 E3 泛素蛋白连接酶，作为光形态发生的阻遏物和黑暗中黄化的激活剂。
Two interacting bZIP proteins are direct targets of COP1-mediated control of light-dependent gene expression in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1101/gad.969702
Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184
PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515
Role of a COP1 interactive protein in mediating light-regulated gene expression in arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.7.1083

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037649 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程
GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程
GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程
GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G53090
ath:AT2G32950
ath:AT2G46340
ath:AT3G15354
ath:AT4G11110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.637
排名 1 · LXL04_037649 · OH-1004
细胞质0.323
排名 2 · LXL04_037649 · OH-1004
细胞膜0.072
排名 3 · LXL04_037649 · OH-1004
溶酶体／液泡0.050
排名 4 · LXL04_037649 · OH-1004
高尔基体0.038
排名 5 · LXL04_037649 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st524-662 aa
PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st524-668 aa
PF25175.2Beta-prop_WDR5526-780 aa
PF25174.2Beta-prop_THOC3527-606 aa
PF24796.2WDR55527-658 aa
PF25391.2WD40_Gbeta528-692 aa
PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd539-609 aa
PF29037.1DSE1_N574-653 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_037649PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st5246624.4e-33115.3
LXL04_037649PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st5246681.6e-0834.7
LXL04_037649PF25175.2Beta-prop_WDR55267804.7e-34118.7
LXL04_037649PF25174.2Beta-prop_THOC35276064.8e-31108.5
LXL04_037649PF24796.2WDR555276582.8e-1453.6
LXL04_037649PF25391.2WD40_Gbeta5286927.3e-1142.4
LXL04_037649PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd5396093.2e-1247.2
LXL04_037649PF29037.1DSE1_N5746531.6e-1351.2
LXL04_037649PF24807.2WD40_CDC20-Fz5756682.6e-29103.2
LXL04_037649PF23609.2Beta-prop_EIPR15756467.7e-1349.2
LXL04_037649PF25174.2Beta-prop_THOC35767754.8e-31108.5
LXL04_037649PF23419.3WD40_RFWD35786662.5e-0834.4
LXL04_037649PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st5806681.6e-2797.3
LXL04_037649PF24817.2WD40_WDHD1_1st5896596.8e-2382.0
LXL04_037649PF23414.2Beta-prop_EML_25897383.9e-1969.8
LXL04_037649PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR15896532.6e-0937.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LJR3拟南芥Protein SPA1-RELATED 359.565%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94BM7拟南芥Protein SPA1-RELATED 461.832%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9T014拟南芥Protein SPA1-RELATED 241.146%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SYX2拟南芥Protein SUPPRESSOR OF PHYA-105 140.684%Swiss-Prot中等数据库同源证据
P43254拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase COP139.091%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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