LXL04_037093 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037093

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 53073028-53076086 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2196 bp · LXL04_037093|LXL04_037093|OH1004|cDNA

ATGGGCACAGAAAGGAAAAGGAAGGTGAGCTTGTTCGACGTCGTAGATGACGCCACAGCGACGGCCAAGGTTAACAAAGCAAACGGGGGAGCCGCCGTTCATGGTATCAACAATAGCACGGGAAGCATGACTGTGAACAGCTGGAATGGACGCCCTTACTCACAGCGTTATTTTGATATATTGGAGAAGAGAAAGACTCTGCCCGTTTGGCATCAGAAAGAGGAGTTTTTGAAAGTACTCAAAGAGAATCAGACGCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · LXL04_037093|LXL04_037093|OH1004|CDS

ATGGGCACAGAAAGGAAAAGGAAGGTGAGCTTGTTCGACGTCGTAGATGACGCCACAGCGACGGCCAAGGTTAACAAAGCAAACGGGGGAGCCGCCGTTCATGGTATCAACAATAGCACGGGAAGCATGACTGTGAACAGCTGGAATGGACGCCCTTACTCACAGCGTTATTTTGATATATTGGAGAAGAGAAAGACTCTGCCCGTTTGGCATCAGAAAGAGGAGTTTTTGAAAGTACTCAAAGAGAATCAGACGCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

731 aa · LXL04_037093|LXL04_037093|OH1004|PROTEIN

MGTERKRKVSLFDVVDDATATAKVNKANGGAAVHGINNSTGSMTVNSWNGRPYSQRYFDILEKRKTLPVWHQKEEFLKVLKENQTLILVGETGSGKTTQIPQFVLEAVEVESGDRRKKFMVGCTQPRRVAAMSVSRRVAEEMDVTIGEEVGYSIRFEDCSSAKTVLKYLTDGMLLREAMTDPLLERYKVIILDEAHERTLATDVLFGLLKEVLKNRADLKLVVMSATLEAEKFQGYFFGAPLMKVPGRLHPVEIFYTQEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037093`
TK1151 ID	TkA04G004040
OH-1004 ID	LXL04_037093
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037093

位置 Chr08:53073028-53076086 (-)

描述 Similar to At3g62310: Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g62310`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献
`At2g47250`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037093 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009636 response to toxic substance 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043279 response to alkaloid 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

GO:1900745 positive regulation of p38MAPK cascade 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47250

ath:AT3G62310

dme:Dmel_CG11107

hsa:1665

pon:100174435

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.629

排名 1 · LXL04_037093 · OH-1004

细胞质0.375

排名 2 · LXL04_037093 · OH-1004

线粒体0.082

排名 3 · LXL04_037093 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 4 · LXL04_037093 · OH-1004

内质网0.026

排名 5 · LXL04_037093 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD73-229 aa

PF13245.13AAA_1980-219 aa

PF13401.13AAA_2283-224 aa

PF00271.38Helicase_C271-409 aa

PF04408.30WHD_HA2472-500 aa

PF21010.3HA2_C501-560 aa

PF07717.23OB_NTP_bind622-698 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037093	`PF00270.36`	DEAD	73	229	3.2e-09	37.5
LXL04_037093	`PF13245.13`	AAA_19	80	219	4.2e-06	27.7
LXL04_037093	`PF13401.13`	AAA_22	83	224	1.3e-08	35.9
LXL04_037093	`PF00271.38`	Helicase_C	271	409	4.1e-09	37.4
LXL04_037093	`PF04408.30`	WHD_HA2	472	500	3.5e-11	43.5
LXL04_037093	`PF21010.3`	HA2_C	501	560	1.4e-15	58.3
LXL04_037093	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	622	698	1.8e-24	86.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZQ9`	拟南芥	Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH2	88.098%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22899`	拟南芥	Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH3	86.457%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情