LXL04_036980 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036980

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 51189716-51195842 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2739 bp · LXL04_036980|LXL04_036980|OH1004|cDNA

ATGGTATCCCTCCTCCACCGTTCAATTTCATTCCACACCCCATCCCATCTCCCACTCTTCACCCAcctcaaccaccaccaccaccaccatcgtACTCCCTCTCTATTAAATCTCCACCATCGTCACCCCGCCACTTCCCTCATAACCTGCATCGAGAAGAACGGCTCCTTCATCTCAAACAACAATGATCAACAGCCCCAGCGAACGCTGTTCCCCGGTGGTTACAAGCGGCCGGAAATCAAAATTCCCAATGTTGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2739 bp · LXL04_036980|LXL04_036980|OH1004|CDS

ATGGTATCCCTCCTCCACCGTTCAATTTCATTCCACACCCCATCCCATCTCCCACTCTTCACCCACCTCAACCACCACCACCACCACCATCGTACTCCCTCTCTATTAAATCTCCACCATCGTCACCCCGCCACTTCCCTCATAACCTGCATCGAGAAGAACGGCTCCTTCATCTCAAACAACAATGATCAACAGCCCCAGCGAACGCTGTTCCCCGGTGGTTACAAGCGGCCGGAAATCAAAATTCCCAATGTTGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

912 aa · LXL04_036980|LXL04_036980|OH1004|PROTEIN

MVSLLHRSISFHTPSHLPLFTHLNHHHHHHRTPSLLNLHHRHPATSLITCIEKNGSFISNNNDQQPQRTLFPGGYKRPEIKIPNVVLQLNPEDVLDDGKDVLGVVDQAVSGVVGVVVLNGGDGSGRNLYEAACLLKSVIRDRAYFLIAERVDIATAVNASGVVVSDQGLPAIVARNTIMDSKSDSVFLPLVGRNVQSLDAAMNTSTFEGADFLIYGEETIEKISVSMINQIKIPTFFTVNSNNKDKLSNDISYLLQSGAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036980`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036980

位置 Chr08:51189716-51195842 (+)

描述 Similar to FZL: Probable transmembrane GTPase FZO-like, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03160`	可能的膜重塑 GTP 酶，在类囊体和叶绿体形态的决定中发挥独特作用，并调节类囊体网络的组织。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008053 mitochondrial fusion 生物过程

GO:0009228 thiamine biosynthetic process 生物过程

GO:0009229 thiamine diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0034051 negative regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03160

cjj:CJJ81176_0436

nph:NP_4054A

npu:Npun_R6513

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.937

排名 1 · LXL04_036980 · OH-1004

线粒体0.067

排名 2 · LXL04_036980 · OH-1004

细胞质0.034

排名 3 · LXL04_036980 · OH-1004

细胞核0.030

排名 4 · LXL04_036980 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 5 · LXL04_036980 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02581.24TMP-TENI97-216 aa

PF00350.30Dynamin_N359-405 aa

PF00009.34GTP_EFTU359-534 aa

PF01926.30MMR_HSR1360-492 aa

PF00350.30Dynamin_N411-492 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036980	`PF02581.24`	TMP-TENI	97	216	4.1e-08	33.5
LXL04_036980	`PF00350.30`	Dynamin_N	359	405	7.2e-23	82.1
LXL04_036980	`PF00009.34`	GTP_EFTU	359	534	2e-07	31.5
LXL04_036980	`PF01926.30`	MMR_HSR1	360	492	1e-14	55.3
LXL04_036980	`PF00350.30`	Dynamin_N	411	492	7.2e-23	82.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1KPV0`	拟南芥	Probable transmembrane GTPase FZO-like, chloroplastic	55.634%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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