LXL04_036900 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036900

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 49910835-49912827 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · LXL04_036900|LXL04_036900|OH1004|cDNA

ATGGCGATTGGTGGAAATTCGTTTGAAGTCAATCCCGAGACAGAGAAGTTTCTTTGCGAGCGATTGTTGGACCAAACGCAGCCAATTTCGGAGCGATTCAGAGTCCTCTTCTCTCTCCGGAATCTTCGAGGCCCTGCCCCTCGCAATGCTCTAATCCTTGCAACAAAAGACTCTTCAAACCTACTGGCACATGAGGCTGCATTTGCTTTAGGTCAAATGCAAGATGCTGAAGCAATTCCTGCTTTAAAGCTTGTTCTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_036900|LXL04_036900|OH1004|CDS

ATGGCGATTGGTGGAAATTCGTTTGAAGTCAATCCCGAGACAGAGAAGTTTCTTTGCGAGCGATTGTTGGACCAAACGCAGCCAATTTCGGAGCGATTCAGAGTCCTCTTCTCTCTCCGGAATCTTCGAGGCCCTGCCCCTCGCAATGCTCTAATCCTTGCAACAAAAGACTCTTCAAACCTACTGGCACATGAGGCTGCATTTGCTTTAGGTCAAATGCAAGATGCTGAAGCAATTCCTGCTTTAAAGCTTGTTCTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_036900|LXL04_036900|OH1004|PROTEIN

MAIGGNSFEVNPETEKFLCERLLDQTQPISERFRVLFSLRNLRGPAPRNALILATKDSSNLLAHEAAFALGQMQDAEAIPALKLVLNDLSLHPIVRHEAAEALGAIGLESNIALLNDCLDSDPAQEVRETCELALARIQELKNINGSHQSSTPSPFLSVDPAAPASCSSVQDLRELILNEEKGMYERYGALFGLRNHGGDEAVAAIVASLNAKSALLRHEVAYVLGQLQNKCASDALSRVLKDVNEHPMVRHEAAEALGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036900`
TK1151 ID	TkA04G018040
OH-1004 ID	LXL04_036900
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036900

位置 Chr08:49910835-49912827 (-)

描述 Similar to At3g58180: Deoxyhypusine hydroxylase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g58180`	催化N(6)-(4-氨基丁基)-L-赖氨酸中间体的羟基化形成hypusine，这是一种仅在成熟eIF-5A因子中发现的必需翻译后修饰。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0626100`	催化N(6)-(4-氨基丁基)-L-赖氨酸中间体的羟基化形成hypusine，这是一种仅在成熟eIF-5A因子中发现的必需翻译后修饰。	暂无已核实直接文献
`Os12g0163300`	催化N(6)-(4-氨基丁基)-L-赖氨酸中间体的羟基化形成hypusine，这是一种仅在成熟eIF-5A因子中发现的必需翻译后修饰。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036900 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008612 peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine 生物过程

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0019135 deoxyhypusine monooxygenase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58180

dosa:Os12g0163300

rno:314644

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.685

排名 1 · LXL04_036900 · OH-1004

细胞核0.528

排名 2 · LXL04_036900 · OH-1004

线粒体0.085

排名 3 · LXL04_036900 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 4 · LXL04_036900 · OH-1004

过氧化物酶体0.029

排名 5 · LXL04_036900 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13646.13HEAT_217-86 aa

PF13646.13HEAT_251-136 aa

PF03130.23HEAT_PBS63-88 aa

PF29232.1HEAT_spiro63-136 aa

PF13646.13HEAT_2185-243 aa

PF13646.13HEAT_2205-289 aa

PF29232.1HEAT_spiro218-292 aa

PF03130.23HEAT_PBS250-276 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036900	`PF13646.13`	HEAT_2	17	86	5e-32	110.8
LXL04_036900	`PF13646.13`	HEAT_2	51	136	5e-32	110.8
LXL04_036900	`PF03130.23`	HEAT_PBS	63	88	1.2e-24	84.6
LXL04_036900	`PF29232.1`	HEAT_spiro	63	136	4.2e-22	79.3
LXL04_036900	`PF13646.13`	HEAT_2	185	243	5e-32	110.8
LXL04_036900	`PF13646.13`	HEAT_2	205	289	5e-32	110.8
LXL04_036900	`PF29232.1`	HEAT_spiro	218	292	4.2e-22	79.3
LXL04_036900	`PF03130.23`	HEAT_PBS	250	276	1.2e-24	84.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JW0`	拟南芥	Deoxyhypusine hydroxylase	77.181%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QLW3`	水稻	Deoxyhypusine hydroxylase-B	75.503%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QXB3`	水稻	Deoxyhypusine hydroxylase-A	73.290%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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