LXL04_036896 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036896

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 49893499-49900202 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3021 bp · LXL04_036896|LXL04_036896|OH1004|cDNA

ATGGCGACTCCCCCGAAGCCATGGAAGGCGGAATATGCAAAATCGGGAAGATCTTCATGTAAAACCTGCAAGTCCCCCATCGCCCAAGAAAAACTCCGTCTTGGCAAGATGGTTCAAGCCACTCAATTCGACGGTTTCATGCCCGTAATCACCCATCCTCACCTCCCAATACTCTTCTTCTACTGTTTCTTGCTTAATCTATTCCATATTATAGATGTGGAACCATGCTACGTGCATATTGAAGAAGTCAAACCAAATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3021 bp · LXL04_036896|LXL04_036896|OH1004|CDS

ATGGCGACTCCCCCGAAGCCATGGAAGGCGGAATATGCAAAATCGGGAAGATCTTCATGTAAAACCTGCAAGTCCCCCATCGCCCAAGAAAAACTCCGTCTTGGCAAGATGGTTCAAGCCACTCAATTCGACGGTTTCATGCCCGTAATCACCCATCCTCACCTCCCAATACTCTTCTTCTACTGTTTCTTGCTTAATCTATTCCATATTATAGATGTGGAACCATGCTACGTGCATATTGAAGAAGTCAAACCAAATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1006 aa · LXL04_036896|LXL04_036896|OH1004|PROTEIN

MATPPKPWKAEYAKSGRSSCKTCKSPIAQEKLRLGKMVQATQFDGFMPVITHPHLPILFFYCFLLNLFHIIDVEPCYVHIEEVKPNKIVRVLNFSHCDDVEGIETLRWEDQQKIRQYVEGGGIGSKSTPTTPDVSKCTIEPSKTNRATCKICNEKIMTGEVRISSKAEGQGARGLSWHHAKCFLDSSPSTQLENLIGWESLSDSNKSTVLSLVKKSSATKKGKEEVKEEKETVKGSSKRKATVDRDQKSKIPKTEDDLLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036896`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036896

位置 Chr08:49893499-49900202 (-)

描述 Similar to PARP1: Poly [ADP-ribose] polymerase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31320`	参与碱基切除修复（BER）途径，通过催化有限数量参与染色质结构和DNA代谢的受体蛋白的多聚ADP-核糖化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0413700`	参与碱基切除修复（BER）途径，通过催化有限数量参与染色质结构和DNA代谢的受体蛋白的多聚ADP-核糖化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31320

bta:286764

dosa:Os07g0413700

hsa:142

zma:103647201

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.862

排名 1 · LXL04_036896 · OH-1004

细胞质0.208

排名 2 · LXL04_036896 · OH-1004

线粒体0.042

排名 3 · LXL04_036896 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 4 · LXL04_036896 · OH-1004

内质网0.019

排名 5 · LXL04_036896 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00645.26zf-PARP11-48 aa

PF00645.26zf-PARP140-210 aa

PF21728.4PADR1_N271-327 aa

PF08063.18Zn_ribbon_PADR1328-369 aa

PF00533.34BRCT421-497 aa

PF16589.13BRCT_2433-506 aa

PF05406.21WGR550-628 aa

PF02877.20PARP_reg662-791 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036896	`PF00645.26`	zf-PARP	11	48	3.3e-28	99.0
LXL04_036896	`PF00645.26`	zf-PARP	140	210	3.3e-28	99.0
LXL04_036896	`PF21728.4`	PADR1_N	271	327	2e-23	83.2
LXL04_036896	`PF08063.18`	Zn_ribbon_PADR1	328	369	5.1e-17	62.1
LXL04_036896	`PF00533.34`	BRCT	421	497	1.5e-11	45.0
LXL04_036896	`PF16589.13`	BRCT_2	433	506	5.1e-07	30.7
LXL04_036896	`PF05406.21`	WGR	550	628	7.6e-18	65.1
LXL04_036896	`PF02877.20`	PARP_reg	662	791	2.8e-37	128.5
LXL04_036896	`PF00644.27`	PARP	805	1001	3.6e-79	265.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZP54`	拟南芥	Poly [ADP-ribose] polymerase 1	63.717%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7EYV7`	水稻	Poly [ADP-ribose] polymerase 1	61.198%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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