LXL04_036879 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036879

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 49698012-49705324 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2628 bp · LXL04_036879|LXL04_036879|OH1004|cDNA

ATGGCTCTGCTTGTTTCAACTTGGTCTAATGGAGTTCAATCCGTTCCTCAAGATTACATTATGCCACCCGAAAGAAGACCCGGCGATTTCATTACAGTTTGCAAGGATATTCCGGTGATCGATCTTCAAAACGATCGGTCTGAGATCGTCCAACAAATTTTCAAAGCTTGTCAAGAATTCGGCTTATTTCAGGTGATCAATCATGGAGTACCGGAGGAACTGATGGCGGATATTAGGGCTTTGTACGACGAGTTCTTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2628 bp · LXL04_036879|LXL04_036879|OH1004|CDS

ATGGCTCTGCTTGTTTCAACTTGGTCTAATGGAGTTCAATCCGTTCCTCAAGATTACATTATGCCACCCGAAAGAAGACCCGGCGATTTCATTACAGTTTGCAAGGATATTCCGGTGATCGATCTTCAAAACGATCGGTCTGAGATCGTCCAACAAATTTTCAAAGCTTGTCAAGAATTCGGCTTATTTCAGGTGATCAATCATGGAGTACCGGAGGAACTGATGGCGGATATTAGGGCTTTGTACGACGAGTTCTTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

875 aa · LXL04_036879|LXL04_036879|OH1004|PROTEIN

MALLVSTWSNGVQSVPQDYIMPPERRPGDFITVCKDIPVIDLQNDRSEIVQQIFKACQEFGLFQVINHGVPEELMADIRALYDEFFNMPIEDKLSVYSEKFGKGCKLYTSGLNYAEEDVHYWKDTLKHDCHPFEEHSPSWPDKPARYQEVGRYVVEVRKMGLKVIDIIGEGLGLAEGYLAKVSKEQSMAVNHYPPCPDPTLAMGTGGHSDPNLITLLQQDRYGLQIQKDGKWMGVDPIPNAFVFNLGYLLKAISNDKFKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036879`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036879

位置 Chr08:49698012-49705324 (-)

描述 Similar to H6H: Hyoscyamine 6-dioxygenase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24530`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	Identification of arabidopsis loci required for susceptibility to the downy mildew pathogen Hyaloperonospora parasitica.2005 · DOI: 10.1094/mpmi-18-0583 Arabidopsis DMR6 encodes a putative 2OG-Fe(II) oxygenase that is defense-associated but required for susceptibility to downy mildew.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03427.x DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At4g10490`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0536400`	催化 2S-黄烷酮 3-β-羟基化生成 2R,3R-二氢黄酮醇，后者是植物中黄酮醇、花青素、儿茶素和原花青素生物合成的中间体。	Flavanone 3beta-hydroxylases from rice: key enzymes for favonol and anthocyanin biosynthesis.2008 · DOI: 10.1016/s1016-8478(23)17587-x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036879 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0009805 coumarin biosynthetic process 生物过程

GO:0031418 L-ascorbic acid binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0047998 hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:BAA05630

ag:BAA78340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.838

排名 1 · LXL04_036879 · OH-1004

细胞核0.245

排名 2 · LXL04_036879 · OH-1004

线粒体0.052

排名 3 · LXL04_036879 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_036879 · OH-1004

细胞膜0.049

排名 5 · LXL04_036879 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226.13DIOX_N37-141 aa

PF03171.272OG-FeII_Oxy185-282 aa

PF14226.13DIOX_N345-445 aa

PF03171.272OG-FeII_Oxy494-591 aa

PF14226.13DIOX_N612-690 aa

PF03171.272OG-FeII_Oxy734-830 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036879	`PF14226.13`	DIOX_N	37	141	7.7e-60	201.4
LXL04_036879	`PF03171.27`	2OG-FeII_Oxy	185	282	1.7e-89	295.4
LXL04_036879	`PF14226.13`	DIOX_N	345	445	7.7e-60	201.4
LXL04_036879	`PF03171.27`	2OG-FeII_Oxy	494	591	1.7e-89	295.4
LXL04_036879	`PF14226.13`	DIOX_N	612	690	7.7e-60	201.4
LXL04_036879	`PF03171.27`	2OG-FeII_Oxy	734	830	1.7e-89	295.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLV0`	拟南芥	Protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6	43.478%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZSA7`	拟南芥	Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2	40.984%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8W2X5`	水稻	Flavanone 3-dioxygenase 2	40.850%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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