LXL04_036833 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036833

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 48983146-48984599 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1143 bp · LXL04_036833|LXL04_036833|OH1004|cDNA

ATGGATTCAGACGAAGGGAAGTTATTCTTAGGTGGAATAGCTTGGGACACCACGGAGGAACGGTTGAGTGATTACTTCGGCAAATACGGCGATGTCTCGCAGACCGTAATCATGCGTGACAAGATCACCGGACGTCCACGTGGATTCGGCTTCGTTATGTTCTCAGATCCATCTGTTATTGATTCTGTTCTTCAAGATAGGCACGCCATCGATGGCCGCAATGTGGAAGCTAAGAGAGCTCTATCAAGAGAAGAACAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · LXL04_036833|LXL04_036833|OH1004|CDS

ATGGATTCAGACGAAGGGAAGTTATTCTTAGGTGGAATAGCTTGGGACACCACGGAGGAACGGTTGAGTGATTACTTCGGCAAATACGGCGATGTCTCGCAGACCGTAATCATGCGTGACAAGATCACCGGACGTCCACGTGGATTCGGCTTCGTTATGTTCTCAGATCCATCTGTTATTGATTCTGTTCTTCAAGATAGGCACGCCATCGATGGCCGCAATGTGGAAGCTAAGAGAGCTCTATCAAGAGAAGAACAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · LXL04_036833|LXL04_036833|OH1004|PROTEIN

MDSDEGKLFLGGIAWDTTEERLSDYFGKYGDVSQTVIMRDKITGRPRGFGFVMFSDPSVIDSVLQDRHAIDGRNVEAKRALSREEQQASRPANNINRSSTGGGGASKTKKIFVGGLPSTLTEEQFRQYFETYGDVTDVVIMFDQTTNRPRGFGFISFDSEDAVDRVLQKNFHELNNKLVEVKRALPKDANPGGGGSSFRSSSFTTANNGGSGLFDGQMDGNRFMQAAQNSGGGYPAYSGYGQPSYGGYGGYGGYNVGGYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036833`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036833

位置 Chr08:48983146-48984599 (+)

描述 Similar to RNP1: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14300`	参与前 mRNA 加工。	暂无已核实直接文献
`At1g58470`	RNA结合蛋白。	An RNA-binding protein, AtRBP1, is expressed in actively proliferative regions in Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1093/pcp/41.3.282

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036833 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0048864 stem cell development 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58470

ath:AT4G14300

cel:CELE_R10E9.1

mmu:76626

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.620

排名 1 · LXL04_036833 · OH-1004

细胞核0.593

排名 2 · LXL04_036833 · OH-1004

内质网0.060

排名 3 · LXL04_036833 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 4 · LXL04_036833 · OH-1004

线粒体0.035

排名 5 · LXL04_036833 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367.12RRM_77-68 aa

PF00076.29RRM_18-74 aa

PF23085.2RRM_PARP14_3108-182 aa

PF16367.12RRM_7109-181 aa

PF00076.29RRM_1111-178 aa

PF28441.1RRM_11114-199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036833	`PF16367.12`	RRM_7	7	68	4.4e-15	56.2
LXL04_036833	`PF00076.29`	RRM_1	8	74	5.3e-34	116.6
LXL04_036833	`PF23085.2`	RRM_PARP14_3	108	182	1.3e-10	41.9
LXL04_036833	`PF16367.12`	RRM_7	109	181	4.4e-15	56.2
LXL04_036833	`PF00076.29`	RRM_1	111	178	5.3e-34	116.6
LXL04_036833	`PF28441.1`	RRM_11	114	199	6.7e-10	39.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W034`	拟南芥	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1	63.445%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C652`	拟南芥	RNA-binding protein 1	45.852%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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