LXL04_036781 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036781

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 48248547-48250021 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1098 bp · LXL04_036781|LXL04_036781|OH1004|cDNA

ATGAATACACCACAAGAAAGGGAGGTATGTAAGGAAGAGGTAGAATTACTAAAGGTTATGCAAATGGTAGCGGGGACAATACTTCCAATGGTCATGAAAACTGCTATAGAACTTGATCTATTTGAAATCATGGTCAAAGTCACTAACAGTGGTGGTCAATTCACTTCTTCAGATATCGTTTCGTGTTTGCCTACACAAAACCCACAAACTCCAATCATAATCGAAAGAATCCTTCGGTATCTTGCTAGCAAATCAATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · LXL04_036781|LXL04_036781|OH1004|CDS

ATGAATACACCACAAGAAAGGGAGGTATGTAAGGAAGAGGTAGAATTACTAAAGGTTATGCAAATGGTAGCGGGGACAATACTTCCAATGGTCATGAAAACTGCTATAGAACTTGATCTATTTGAAATCATGGTCAAAGTCACTAACAGTGGTGGTCAATTCACTTCTTCAGATATCGTTTCGTGTTTGCCTACACAAAACCCACAAACTCCAATCATAATCGAAAGAATCCTTCGGTATCTTGCTAGCAAATCAATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · LXL04_036781|LXL04_036781|OH1004|PROTEIN

MNTPQEREVCKEEVELLKVMQMVAGTILPMVMKTAIELDLFEIMVKVTNSGGQFTSSDIVSCLPTQNPQTPIIIERILRYLASKSILTSKFSTNENGDTNKSYAMTPICKYFVNNEEGASFASFFLFQNDKVVIDSWYHLKEAVLEGGTPFNKAHGENVFEYQAKDKRFGEIFNKAMYGNTAILMKMVLEKYKGFEGVEKLVDVGGGLGATLGIIHSKYPNIKGVNFDMPHVIKDAPLCLGVEHVGGDMFQSVPKGDVIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036781`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036781

位置 Chr08:48248547-48250021 (+)

描述 Similar to COMT1: Caffeic acid 3-O-methyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54160`	甲基化黄酮类化合物的羟基。	Functional expression of an Arabidopsis cDNA clone encoding a flavonol 3'-O-methyltransferase and characterization of the gene product.2000 · DOI: 10.1006/abbi.1999.1681 A new Arabidopsis thaliana mutant deficient in the expression of O-methyltransferase impacts lignins and sinapoyl esters.2003 · DOI: 10.1023/a:1023022825098 Insights into lignin primary structure and deconstruction from Arabidopsis thaliana COMT (caffeic acid O-methyl transferase) mutant Atomt1.2010 · DOI: 10.1039/c004817h The role of CCoAOMT1 and COMT1 in Arabidopsis anthers.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1586-6 Caffeic acid O-methyltransferase is involved in the synthesis of melatonin by methylating N-acetylserotonin in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/jpi.12160 Cloning of Arabidopsis serotonin N-acetyltransferase and its role with caffeic acid O-methyltransferase in the biosynthesis of melatonin in vitro despite their different subcellular localizations.2014 · DOI: 10.1111/jpi.12181 Daily rhythms of phytomelatonin signaling modulate diurnal stomatal closure via regulating reactive oxygen species dynamics in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1111/jpi.12640 Melatonin Represses Oil and Anthocyanin Accumulation in Seeds.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00117

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0010344 seed oilbody biogenesis 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0030187 melatonin biosynthetic process 生物过程

GO:0031537 regulation of anthocyanin metabolic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042428 serotonin metabolic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0051555 flavonol biosynthetic process 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G54160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.872

排名 1 · LXL04_036781 · OH-1004

细胞核0.290

排名 2 · LXL04_036781 · OH-1004

内质网0.049

排名 3 · LXL04_036781 · OH-1004

线粒体0.035

排名 4 · LXL04_036781 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 5 · LXL04_036781 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08100.19Dimerisation20-114 aa

PF00891.25Methyltransf_2137-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036781	`PF08100.19`	Dimerisation	20	114	1.9e-14	54.1
LXL04_036781	`PF00891.25`	Methyltransf_2	137	344	8.9e-64	215.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK25`	拟南芥	Flavone 3'-O-methyltransferase 1	50.980%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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