LXL04_036657 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036657

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 46317543-46330133 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5724 bp · LXL04_036657|LXL04_036657|OH1004|cDNA

ATGGCCGATTACGTCACCACCTTCATCTGGCACCAGCTTACAATCGCTTACCAGTTCAAGCTTTTGCCTTTTTTTACTTCTTCTCTTCTCACCACCAAATCCCACATAAGTTTACCGAAGAACATTCAACAAGGTTCGCCTAATCACAGAGACGGGTCAACAACCCTCATAATTTGTCAACGACAATTACAGGCGTACCCATGTGAACACATCAACATTCTCGGGATGTCCGAATTAAGAATTTTAGGGTTCATCACGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

5724 bp · LXL04_036657|LXL04_036657|OH1004|CDS

ATGGCCGATTACGTCACCACCTTCATCTGGCACCAGCTTACAATCGCTTACCAGTTCAAGCTTTTGCCTTTTTTTACTTCTTCTCTTCTCACCACCAAATCCCACATAAGTTTACCGAAGAACATTCAACAAGGTTCGCCTAATCACAGAGACGGGTCAACAACCCTCATAATTTGTCAACGACAATTACAGGCGTACCCATGTGAACACATCAACATTCTCGGGATGTCCGAATTAAGAATTTTAGGGTTCATCACGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1907 aa · LXL04_036657|LXL04_036657|OH1004|PROTEIN

MADYVTTFIWHQLTIAYQFKLLPFFTSSLLTTKSHISLPKNIQQGSPNHRDGSTTLIICQRQLQAYPCEHINILGMSELRILGFITFLAISLLLAVTDSQSTHPTEVTALQVIKESLIDSDNRLSNWDRGDPCVSNWTGVLCFNRTLDDSYLHVRELQLLNLKLEGTLSPAIGRLSFMQILDVMWNNISGSIPKEIGQLTNLELLLLNGNQLTGSLPEEIGYLPNLDRIQIDQNHISGSIPVSFANLNKTKHFHMNNNSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036657`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036657

位置 Chr08:46317543-46330133 (+)

描述 Similar to At1g06840: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g06840

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06840`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g06840。	暂无已核实直接文献
`At5g37450`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g37450。	暂无已核实直接文献
`At3g53590`	推测的富含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At3g53590。	暂无已核实直接文献
`At5g49760`	富含亮氨酸的重复受体蛋白激酶，充当细胞外过氧化氢的传感器。	Hydrogen peroxide sensor HPCA1 is an LRR receptor kinase in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2032-3
`At5g49770`	可能的富含亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At5g49770。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036657 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06840

ath:AT5G37450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.775

排名 1 · LXL04_036657 · OH-1004

细胞质0.096

排名 2 · LXL04_036657 · OH-1004

内质网0.091

排名 3 · LXL04_036657 · OH-1004

细胞核0.051

排名 4 · LXL04_036657 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · LXL04_036657 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_2104-142 aa

PF23598.2LRR_14152-233 aa

PF13855.13LRR_8224-284 aa

PF13855.13LRR_8343-402 aa

PF13855.13LRR_8369-402 aa

PF12799.14LRR_4369-402 aa

PF00069.32Pkinase697-961 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr698-963 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036657	`PF08263.18`	LRRNT_2	104	142	3.6e-21	75.9
LXL04_036657	`PF23598.2`	LRR_14	152	233	2.7e-17	63.3
LXL04_036657	`PF13855.13`	LRR_8	224	284	5.2e-25	87.7
LXL04_036657	`PF13855.13`	LRR_8	343	402	5.2e-25	87.7
LXL04_036657	`PF13855.13`	LRR_8	369	402	5.2e-25	87.7
LXL04_036657	`PF12799.14`	LRR_4	369	402	4.7e-21	75.1
LXL04_036657	`PF00069.32`	Pkinase	697	961	2.9e-95	319.4
LXL04_036657	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	698	963	1.6e-94	316.7
LXL04_036657	`PF08263.18`	LRRNT_2	1020	1059	3.6e-21	75.9
LXL04_036657	`PF23598.2`	LRR_14	1070	1149	2.7e-17	63.3
LXL04_036657	`PF13855.13`	LRR_8	1141	1201	5.2e-25	87.7
LXL04_036657	`PF13855.13`	LRR_8	1238	1296	5.2e-25	87.7
LXL04_036657	`PF12799.14`	LRR_4	1261	1296	4.7e-21	75.1
LXL04_036657	`PF00069.32`	Pkinase	1581	1847	2.9e-95	319.4
LXL04_036657	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1583	1849	1.6e-94	316.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGD7`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g06840	66.703%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0LGU1`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g37450	51.475%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFG1`	拟南芥	Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g53590	53.036%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GZ99`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1	37.006%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LT96`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g49770	36.220%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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