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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_036278
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 39206522-39212320 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2205 bp · LXL04_036278|LXL04_036278|OH1004|cDNA

ATGGCTAGTAAAAGTGGCAAAATAGAATGGTCCGTGCAAATTGCAAACAAAGGAATTAATCAATGCACGGACCCTGTTCAAGAGCGTCTTGTGGTTGGAGGAGAGGAGCGCGGCAATTTCGTACCTGAAGAAGAAGGCGAGAACGAAGGTAAACGCAGGCGAAAGGTTTCAAACTGTTTTCTAAACCGGTTCGAAGCTGGTATTAAAAGGGGCAATGGGCCAGAACTTTTCATGAAGTCTAGAGCCCATTTGTTGGCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2205 bp · LXL04_036278|LXL04_036278|OH1004|CDS

ATGGCTAGTAAAAGTGGCAAAATAGAATGGTCCGTGCAAATTGCAAACAAAGGAATTAATCAATGCACGGACCCTGTTCAAGAGCGTCTTGTGGTTGGAGGAGAGGAGCGCGGCAATTTCGTACCTGAAGAAGAAGGCGAGAACGAAGGTAAACGCAGGCGAAAGGTTTCAAACTGTTTTCTAAACCGGTTCGAAGCTGGTATTAAAAGGGGCAATGGGCCAGAACTTTTCATGAAGTCTAGAGCCCATTTGTTGGCGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

734 aa · LXL04_036278|LXL04_036278|OH1004|PROTEIN

MASKSGKIEWSVQIANKGINQCTDPVQERLVVGGEERGNFVPEEEGENEGKRRRKVSNCFLNRFEAGIKRGNGPELFMKSRAHLLAMFFSNKQHIGTKRVWKSGLLPIYHRNAFFTFQRHYSGRLPARHRIRLLLWTLAITSNRHYGDWDLYFFISIRLMLPAVTTCSYLPVLYPGICCDENVIFDSRASTCSYSNLHQQQKLFLQTPLLPIESQRIFDETHLKSSTTWSSIISSFAQNDLPILALQYFKKMIDYGIRPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_036278
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_036278
位置Chr08:39206522-39212320 (-)
描述Similar to PCMP-H52: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g52630 假定含五聚肽重复序列蛋白 At5g52630。 暂无已核实直接文献
At3g24000 含五螺旋重复的线粒体蛋白 At3g24000。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At5g04780 含五肽重复的蛋白 At5g04780，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g14850 作为类异戊二烯生物合成的调节因子。
Lovastatin insensitive 1, a Novel pentatricopeptide repeat protein, is a potential regulatory factor of isoprenoid biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036278 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G24000
ath:AT4G02750
ath:AT5G52630
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.535
排名 1 · LXL04_036278 · OH-1004
质体0.298
排名 2 · LXL04_036278 · OH-1004
细胞核0.082
排名 3 · LXL04_036278 · OH-1004
细胞质0.043
排名 4 · LXL04_036278 · OH-1004
细胞膜0.009
排名 5 · LXL04_036278 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535.27PPR228-257 aa
PF13041.13PPR_2325-373 aa
PF17177.11PPR_long339-533 aa
PF13041.13PPR_2427-474 aa
PF29070.1MSC6_N434-522 aa
PF20431.5E_motif543-605 aa
PF20430.4Eplus_motif610-635 aa
PF14432.13DYW_deaminase641-734 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_036278PF01535.27PPR2282571.6e-35119.6
LXL04_036278PF13041.13PPR_23253731.1e-31109.4
LXL04_036278PF17177.11PPR_long3395336.1e-0833.0
LXL04_036278PF13041.13PPR_24274741.1e-31109.4
LXL04_036278PF29070.1MSC6_N4345222.3e-0834.3
LXL04_036278PF20431.5E_motif5436052.7e-1350.7
LXL04_036278PF20430.4Eplus_motif6106352.7e-0627.7
LXL04_036278PF14432.13DYW_deaminase6417348.1e-34116.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTF4拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5263065.725%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LIQ7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial41.379%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SY02拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275041.935%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LZ19拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780, mitochondrial42.146%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0WSH6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1485040.000%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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