LXL04_036249 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036249

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 38575728-38586744 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5628 bp · LXL04_036249|LXL04_036249|OH1004|cDNA

ATGGCTACTGCAACTTCCTCTGATCCTGTAATGAAATCGGAGGGCAGTGCCAGTGGCGGTGAGACTTCTGAAGCGGCGTCGACGATTGGGATGGCGGCGGCCGCCGCGGTGGTAGTAAAGGGGAACAATTATCAGCAGCAGTTGATGGTGAAGTATAAAGGGATTAAGAAATCGAAGAAGGATAGAGGTTGTACGGCTAAAGAACGCATCAGTAAAATGCCTCCTTGTGCTGCTGGGAAACGTAGCTCTATCTACAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5628 bp · LXL04_036249|LXL04_036249|OH1004|CDS

ATGGCTACTGCAACTTCCTCTGATCCTGTAATGAAATCGGAGGGCAGTGCCAGTGGCGGTGAGACTTCTGAAGCGGCGTCGACGATTGGGATGGCGGCGGCCGCCGCGGTGGTAGTAAAGGGGAACAATTATCAGCAGCAGTTGATGGTGAAGTATAAAGGGATTAAGAAATCGAAGAAGGATAGAGGTTGTACGGCTAAAGAACGCATCAGTAAAATGCCTCCTTGTGCTGCTGGGAAACGTAGCTCTATCTACAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1875 aa · LXL04_036249|LXL04_036249|OH1004|PROTEIN

MATATSSDPVMKSEGSASGGETSEAASTIGMAAAAAVVVKGNNYQQQLMVKYKGIKKSKKDRGCTAKERISKMPPCAAGKRSSIYRGVTRHRWTGRYEAHLWDKSTWNQNQNKKGKQGAYDDEEAAARAYDLAALKYWGPGTLINFPVTDYTRDLEEMQNLTREDYLASLRRKGSGFSRGNSKCRGISSTRWDSPLGRGPDYDNRMHHGDETPTENEYVGGFRMDRKIDLTPYIKWWAPTKSRQAAEKSSDETNTNHASS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036249`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036249

位置 Chr08:38575728-38586744 (-)

描述 Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41710`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0389000`	转录激活因子，参与器官大小的控制。	A novel AP2-type transcription factor, SMALL ORGAN SIZE1, controls organ size downstream of an auxin signaling pathway.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu023 SMALL ORGAN SIZE 1 and SMALL ORGAN SIZE 2/DWARF AND LOW-TILLERING Form a Complex to Integrate Auxin and Brassinosteroid Signaling in Rice.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2016.12.013 The RLA1/SMOS1 Transcription Factor Functions with OsBZR1 to Regulate Brassinosteroid Signaling and Rice Architecture.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00611

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036249 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41710

dosa:Os05g0389000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.508

排名 1 · LXL04_036249 · OH-1004

细胞质0.449

排名 2 · LXL04_036249 · OH-1004

线粒体0.056

排名 3 · LXL04_036249 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_036249 · OH-1004

内质网0.039

排名 5 · LXL04_036249 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP285-139 aa

PF14244.13Retrotran_gag_3519-566 aa

PF13976.12gag_pre-integrs958-1002 aa

PF00665.33rve1019-1116 aa

PF07727.20RVT_21404-1531 aa

PF07727.20RVT_21534-1598 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036249	`PF00847.27`	AP2	85	139	3e-07	31.4
LXL04_036249	`PF14244.13`	Retrotran_gag_3	519	566	7.9e-09	35.9
LXL04_036249	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	958	1002	2.8e-07	30.9
LXL04_036249	`PF00665.33`	rve	1019	1116	4.1e-12	47.0
LXL04_036249	`PF07727.20`	RVT_2	1404	1531	1.9e-48	165.9
LXL04_036249	`PF07727.20`	RVT_2	1534	1598	1.9e-48	165.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWK2`	拟南芥	AP2-like ethylene-responsive transcription factor At2g41710	57.816%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	36.803%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	35.075%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`X5HYT8`	水稻	AP2-like ethylene-responsive transcription factor SMOS1	49.459%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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