LXL04_035808 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035808

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 29418077-29421380 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2403 bp · LXL04_035808|LXL04_035808|OH1004|cDNA

ATGAGACCTCACAGCAACATTGCTCTTGCTTTAATGATCAAATGCCTCGCAACGACGATTCTGACGATGATCGTCTCTGCAGAGTCACCCCAGCCTCCATTTTCATGCGACCCTTCATCACCTACACCGCCATACCCATTTTGCAACGCCAGTTTACCGATTTCCAACCGTGCTCACGACGTCGTTTCACGACTTACCTTAGACGAGAAAGTTTTGCAGCTGGTGAACGGCGCGCCGGGGATTCCTCGCCTTGGGATATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2403 bp · LXL04_035808|LXL04_035808|OH1004|CDS

ATGAGACCTCACAGCAACATTGCTCTTGCTTTAATGATCAAATGCCTCGCAACGACGATTCTGACGATGATCGTCTCTGCAGAGTCACCCCAGCCTCCATTTTCATGCGACCCTTCATCACCTACACCGCCATACCCATTTTGCAACGCCAGTTTACCGATTTCCAACCGTGCTCACGACGTCGTTTCACGACTTACCTTAGACGAGAAAGTTTTGCAGCTGGTGAACGGCGCGCCGGGGATTCCTCGCCTTGGGATATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

800 aa · LXL04_035808|LXL04_035808|OH1004|PROTEIN

MRPHSNIALALMIKCLATTILTMIVSAESPQPPFSCDPSSPTPPYPFCNASLPISNRAHDVVSRLTLDEKVLQLVNGAPGIPRLGISAYEWWSEALHGISRHGKGVRFNGTITASTQFPQVILTAASFDSHLWYRIGQAIGREARAMFNAGQARGLTFWAPNINVLRDPRWGRAQETPGEDPLVIGGYSVSYVRGIQGDNFEGGKIDPNSDHLQASGCCKHFVANDLDNWKTANRYNFDANVSLNSEVFSCIIELYGSGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035808`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035808

位置 Chr08:29418077-29421380 (+)

描述 Similar to BXL7: Probable beta-D-xylosidase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78060`	可能的 β-D-木糖苷酶 7。	暂无已核实直接文献
`At5g10560`	可能的β-D-木糖苷酶 6。	暂无已核实直接文献
`At3g19620`	可能的β-D-木糖苷酶5。	暂无已核实直接文献
`At5g64570`	β-D-木糖苷酶，对天然底物木糖二糖显示最佳效率。	暂无已核实直接文献
`At5g09730`	参与阿拉伯聚糖的水解。	Purification, functional characterization, cloning, and identification of mutants of a seed-specific arabinan hydrolase in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erj205

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035808 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0031222 arabinan catabolic process 生物过程

GO:0045493 xylan catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78060

ath:AT3G19620

ath:AT5G09730

ath:AT5G10560

ath:AT5G64570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.803

排名 1 · LXL04_035808 · OH-1004

溶酶体／液泡0.060

排名 2 · LXL04_035808 · OH-1004

细胞质0.054

排名 3 · LXL04_035808 · OH-1004

内质网0.036

排名 4 · LXL04_035808 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 5 · LXL04_035808 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00933.28Glyco_hydro_3112-225 aa

PF00933.28Glyco_hydro_3258-387 aa

PF01915.28Glyco_hydro_3_C434-664 aa

PF14310.13Fn3-like722-792 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035808	`PF00933.28`	Glyco_hydro_3	112	225	2.8e-28	100.0
LXL04_035808	`PF00933.28`	Glyco_hydro_3	258	387	2.8e-28	100.0
LXL04_035808	`PF01915.28`	Glyco_hydro_3_C	434	664	3.9e-52	177.9
LXL04_035808	`PF14310.13`	Fn3-like	722	792	6.9e-08	33.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGZ5`	拟南芥	Probable beta-D-xylosidase 7	59.618%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXA8`	拟南芥	Probable beta-D-xylosidase 6	48.107%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LJN4`	拟南芥	Probable beta-D-xylosidase 5	48.485%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLG1`	拟南芥	Beta-D-xylosidase 4	46.477%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LXD6`	拟南芥	Beta-D-xylosidase 3	45.625%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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