LXL04_035730 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035730

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 27765615-27767997 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1782 bp · LXL04_035730|LXL04_035730|OH1004|cDNA

ATGGTGGCGAAAGCAATGGGGCAACCTAGATTGATTGTTTCAACTGCCATGTGTCTCCACTCTCCAATGGCGTCGAGACTACCGCTCCCACAGTTGGTTCAACTACATTGGCCTCAATTCCCCTTCGATCTCCAGATCCATATATTATCATCAGTCAGTTCCTTCAGATCTGGAGGGTTATTCCAAAATCACTTTGAGAAGTTGGGGGAAATGGGGAAGGAGAAGAAATCTGGTGGATGTTTGGGGTGGTTCATTGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1782 bp · LXL04_035730|LXL04_035730|OH1004|CDS

ATGGTGGCGAAAGCAATGGGGCAACCTAGATTGATTGTTTCAACTGCCATGTGTCTCCACTCTCCAATGGCGTCGAGACTACCGCTCCCACAGTTGGTTCAACTACATTGGCCTCAATTCCCCTTCGATCTCCAGATCCATATATTATCATCAGTCAGTTCCTTCAGATCTGGAGGGTTATTCCAAAATCACTTTGAGAAGTTGGGGGAAATGGGGAAGGAGAAGAAATCTGGTGGATGTTTGGGGTGGTTCATTGTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

593 aa · LXL04_035730|LXL04_035730|OH1004|PROTEIN

MVAKAMGQPRLIVSTAMCLHSPMASRLPLPQLVQLHWPQFPFDLQIHILSSVSSFRSGGLFQNHFEKLGEMGKEKKSGGCLGWFIVLIVVAAIAIALGFTLRNKFHGGGGDAPVPGPPGAITKKYGDALKVALQFFDIQKAGKLEDNDIPWRGDSALDDGEDAKLDLSKGMYDAGDHMKFQFPMAYTATVLSWAILEYGDQMNAAGQLQSAKNSLKWLTDYFINAHPEPNVLYIQVGDPDLDHKCWDRPEDMTEKRPLTQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035730`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035730

位置 Chr08:27765615-27767997 (-)

描述 Similar to Os09g0533900: Endoglucanase 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19940`	内切葡聚糖酶2。	暂无已核实直接文献
`At1g75680`	内切葡聚糖酶10。	暂无已核实直接文献
`At4g11050`	内切葡聚糖酶 19。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0533900`	内切葡聚糖酶24。	暂无已核实直接文献
`Os06g0715300`	内切葡聚糖酶18。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035730 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030245 cellulose catabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008810 cellulase activity 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19940

ath:AT1G75680

ath:AT4G11050

dosa:Os06g0715300

dosa:Os09g0533900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.660

排名 1 · LXL04_035730 · OH-1004

细胞外0.146

排名 2 · LXL04_035730 · OH-1004

细胞质0.124

排名 3 · LXL04_035730 · OH-1004

溶酶体／液泡0.110

排名 4 · LXL04_035730 · OH-1004

内质网0.089

排名 5 · LXL04_035730 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00759.26Glyco_hydro_9125-579 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035730	`PF00759.26`	Glyco_hydro_9	125	579	3.7e-156	521.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FXI9`	拟南芥	Endoglucanase 2	71.242%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LCP6`	拟南芥	Endoglucanase 10	66.476%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L7I0`	拟南芥	Endoglucanase 19	46.921%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q69SG5`	水稻	Endoglucanase 24	67.490%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z9P8`	水稻	Endoglucanase 18	63.895%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情