LXL04_035681 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035681

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 26981918-26986897 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2694 bp · LXL04_035681|LXL04_035681|OH1004|cDNA

ATGGCGGTATTTTCTTCATCATTCGTGTCCCTTTACTCGCCGTGTCTTCATCAACGAACCAGTAATGCTCAGCTCACGAAATACTCTGTTCCGATTAGAACACACAACCGTAAATACACAATCGTAAGTGCCGGATCTGATATACGGAGGGAAGCAGTGGTCATAATCGGAGCTGGAATCGCCGGCCTCTCCACTGCTGTTTCGCTACACAGATTGGGGGTTCGTTCGGTGGTGCTGGAGCAAGCGGAATCGTTGCGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2694 bp · LXL04_035681|LXL04_035681|OH1004|CDS

ATGGCGGTATTTTCTTCATCATTCGTGTCCCTTTACTCGCCGTGTCTTCATCAACGAACCAGTAATGCTCAGCTCACGAAATACTCTGTTCCGATTAGAACACACAACCGTAAATACACAATCGTAAGTGCCGGATCTGATATACGGAGGGAAGCAGTGGTCATAATCGGAGCTGGAATCGCCGGCCTCTCCACTGCTGTTTCGCTACACAGATTGGGGGTTCGTTCGGTGGTGCTGGAGCAAGCGGAATCGTTGCGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

897 aa · LXL04_035681|LXL04_035681|OH1004|PROTEIN

MAVFSSSFVSLYSPCLHQRTSNAQLTKYSVPIRTHNRKYTIVSAGSDIRREAVVIIGAGIAGLSTAVSLHRLGVRSVVLEQAESLRTGGTSLTLFKNGWKILDTMGVGDELRSQYLEIQGMVIRTETGRELRSFTFKEADQTQEVRAVERRTLLETLAKQLPAECISFSSKLQNIQKQEDGETLLELVNGTQIISKVVIGCDGIRSPLAKWMGFSEPKYVGYCAFRGLGEYPNGQPYESRVNYIYGRGVRAAYVPVSSTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035681`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035681

位置 Chr08:26981918-26986897 (-)

描述 Similar to At1g76050: RNA pseudouridine synthase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76050`	RNA 假尿苷合成酶 2，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At4g38540`	单加氧酶 2。	暂无已核实直接文献
`At5g05320`	单加氧酶3。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0717400`	RNA 假尿苷合成酶 2，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035681 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000455 enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0009982 pseudouridine synthase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

GO:0120159 rRNA pseudouridine synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76050

ath:AT4G38540

ath:AT5G05320

bsu:BSU15460

dosa:Os06g0717400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.923

排名 1 · LXL04_035681 · OH-1004

线粒体0.106

排名 2 · LXL04_035681 · OH-1004

细胞质0.025

排名 3 · LXL04_035681 · OH-1004

细胞核0.023

排名 4 · LXL04_035681 · OH-1004

过氧化物酶体0.013

排名 5 · LXL04_035681 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01494.26FAD_binding_352-388 aa

PF05834.19Lycopene_cycl53-228 aa

PF01266.31DAO53-91 aa

PF00849.28PseudoU_synth_2615-805 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035681	`PF01494.26`	FAD_binding_3	52	388	3e-25	89.9
LXL04_035681	`PF05834.19`	Lycopene_cycl	53	228	3.6e-07	30.3
LXL04_035681	`PF01266.31`	DAO	53	91	2.2e-06	28.2
LXL04_035681	`PF00849.28`	PseudoU_synth_2	615	805	6.8e-29	101.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3ECD0`	拟南芥	RNA pseudouridine synthase 2, chloroplastic	68.407%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81816`	拟南芥	Monooxygenase 2	34.988%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FLC2`	拟南芥	Monooxygenase 3	33.002%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5Z8P2`	水稻	RNA pseudouridine synthase 2, chloroplastic	61.600%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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