LXL04_035590 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035590

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 25122774-25129994 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4416 bp · LXL04_035590|LXL04_035590|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTGCATTAGCCGGTGATGACCTCATGAGGTCCATGAGCCGGAATATGAGCCGGAACATGAGCCGCAACTTGAGCCGAAGAGGTAGTCTAGCCTCAAGAAGCACCAGGGGTTGGGGTACAGCCAGTATCAGGGAAGCATTCACTACACCAGGTCCCGATATCTTCCAGAAAAGTGGgagagaagatgatgaagatgaactCATGTGGGCTGCCATTGAAAGGCTCCCCACTTATGATCGATTAAGAAAAGGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

4416 bp · LXL04_035590|LXL04_035590|OH1004|CDS

ATGGCTTCTGCATTAGCCGGTGATGACCTCATGAGGTCCATGAGCCGGAATATGAGCCGGAACATGAGCCGCAACTTGAGCCGAAGAGGTAGTCTAGCCTCAAGAAGCACCAGGGGTTGGGGTACAGCCAGTATCAGGGAAGCATTCACTACACCAGGTCCCGATATCTTCCAGAAAAGTGGGAGAGAAGATGATGAAGATGAACTCATGTGGGCTGCCATTGAAAGGCTCCCCACTTATGATCGATTAAGAAAAGGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1471 aa · LXL04_035590|LXL04_035590|OH1004|PROTEIN

MASALAGDDLMRSMSRNMSRNMSRNLSRRGSLASRSTRGWGTASIREAFTTPGPDIFQKSGREDDEDELMWAAIERLPTYDRLRKGFLTQVLDDGKVVREEIDVANLGPEERQNLMKNIQEGIDNDNERLLERLRDRIDRVGIEVPRIEIRYQDLSIEGDAFVGSRALPTLLNSTINSIEASFSSFNMITCFLIVYLQKMNVLGFMRLFPTKKRVVKILHEVSGIVTPSRMTLLLGPPGSGKTTLLKALAGKLERDLRVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035590`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035590

位置 Chr08:25122774-25129994 (-)

描述 Similar to PDR2: Pleiotropic drug resistance protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36380`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g66950`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0587600`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0009914 hormone transport 生物过程

GO:0042908 xenobiotic transport 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66950

ath:AT2G36380

dosa:Os11g0587600

nta:107799533

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.604

排名 1 · LXL04_035590 · OH-1004

内质网0.182

排名 2 · LXL04_035590 · OH-1004

细胞质0.119

排名 3 · LXL04_035590 · OH-1004

溶酶体／液泡0.106

排名 4 · LXL04_035590 · OH-1004

高尔基体0.090

排名 5 · LXL04_035590 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14510.12ABC_trans_N125-173 aa

PF00005.34ABC_tran219-400 aa

PF13191.13AAA_16225-266 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7434-484 aa

PF01061.30ABC2_membrane555-767 aa

PF08370.17PDR_assoc777-835 aa

PF00005.34ABC_tran898-1050 aa

PF19055.7ABC2_membrane_71079-1146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035590	`PF14510.12`	ABC_trans_N	125	173	4.2e-07	31.0
LXL04_035590	`PF00005.34`	ABC_tran	219	400	5.3e-40	137.9
LXL04_035590	`PF13191.13`	AAA_16	225	266	3.5e-08	34.9
LXL04_035590	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	434	484	3.1e-15	56.7
LXL04_035590	`PF01061.30`	ABC2_membrane	555	767	1.8e-104	348.6
LXL04_035590	`PF08370.17`	PDR_assoc	777	835	1.4e-22	79.9
LXL04_035590	`PF00005.34`	ABC_tran	898	1050	5.3e-40	137.9
LXL04_035590	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	1079	1146	3.1e-15	56.7
LXL04_035590	`PF01061.30`	ABC2_membrane	1195	1408	1.8e-104	348.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7PC87`	拟南芥	ABC transporter G family member 34	68.234%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7PC84`	拟南芥	ABC transporter G family member 39	68.219%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GU84`	水稻	ABC transporter G family member 48	57.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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