LXL04_035513 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035513

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 23826587-23830774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1932 bp · LXL04_035513|LXL04_035513|OH1004|cDNA

atGGCAGCATCCATGAACAACTGGTTAGGGTTCTCACTCTCACCTCAAGATCAACAACATATGGATGCTTCACAGACATCTATTGTTGATAACTTCAACTCTGAGGACATTTCCGGCACCGGTGAATGCTTTGATCTTGGTTCCACCGCCAGTCACTCCACCATACCTTCTCTCAACCTCCATCCTCCGTATGGCATACTGGAACCCTACCATAATCACCATGATTGGAACATGAAAGAGAGCTCGGAGCTGTCGGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · LXL04_035513|LXL04_035513|OH1004|CDS

ATGGCAGCATCCATGAACAACTGGTTAGGGTTCTCACTCTCACCTCAAGATCAACAACATATGGATGCTTCACAGACATCTATTGTTGATAACTTCAACTCTGAGGACATTTCCGGCACCGGTGAATGCTTTGATCTTGGTTCCACCGCCAGTCACTCCACCATACCTTCTCTCAACCTCCATCCTCCGTATGGCATACTGGAACCCTACCATAATCACCATGATTGGAACATGAAAGAGAGCTCGGAGCTGTCGGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

643 aa · LXL04_035513|LXL04_035513|OH1004|PROTEIN

MAASMNNWLGFSLSPQDQQHMDASQTSIVDNFNSEDISGTGECFDLGSTASHSTIPSLNLHPPYGILEPYHNHHDWNMKESSELSVLMAGGGSCNGENPEIQPPKFENFLSVGNGGDYMYSTMQLPPQAAVTEVTTTTHDTTRGNNNMTSSSTIGLSMIKNWLRNNPTPSNQNTTTTTRQENDNGTGTAVTGGFTGGGRSNELSLSMSTGGNSTGGFVAISGGADSSSSDNKRQQMEVATTVDSENGGGVTTEAVPRKSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035513`
TK1151 ID	TkA04G125800
OH-1004 ID	LXL04_035513
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035513

位置 Chr08:23826587-23830774 (+)

描述 Similar to BBM: AP2-like ethylene-responsive transcription factor BBM

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17430`	转录因子，与HDG1相反，通过激活分生组织和细胞增殖基因的转录来促进细胞增殖和形态发生，但防止分化，尤其是在胚胎发生过程中。	暂无已核实直接文献
`At3g20840`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At5g57390`	可能充当转录激活因子。	AINTEGUMENTA-like (AIL) genes are expressed in young tissues and may specify meristematic or division-competent states.2005 · DOI: 10.1007/s11103-005-0955-6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035513 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007389 pattern specification process 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0010449 root meristem growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20840

ath:AT5G17430

ath:AT5G57390

bna:106385624

bna:106426170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · LXL04_035513 · OH-1004

细胞质0.075

排名 2 · LXL04_035513 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_035513 · OH-1004

内质网0.028

排名 4 · LXL04_035513 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_035513 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP2270-324 aa

PF00847.27AP2369-418 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035513	`PF00847.27`	AP2	270	324	3.1e-18	66.5
LXL04_035513	`PF00847.27`	AP2	369	418	3.1e-18	66.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6PQQ4`	拟南芥	AP2-like ethylene-responsive transcription factor BBM	45.255%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5YGP8`	拟南芥	AP2-like ethylene-responsive transcription factor PLT1	58.689%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6PQQ3`	拟南芥	AP2-like ethylene-responsive transcription factor AIL5	69.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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