LXL04_035377 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035377

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 21401759-21411098 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6939 bp · LXL04_035377|LXL04_035377|OH1004|cDNA

ATGGAGATCGAGGAAGAAAGAAGAACTGTTCCTCAAGTTCTCTACGAGACTCGTCATCATGCTTCTAGACCTTACTCTTCAAATTACCCTCCTGTTCATCAGCAGCTAAATGAAGGCACTAAAGGAGGTTTCCTCAGGTTTCTTTCGACGCAAGGTCTCAGTGAGTTTAGAGAAAAATGGACCACAAATAAAAATCCACAAAAGTTGACCAAATATATATCAATGTACGTATCTCCAAGTAGCGAACACGTGGCTATAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

6939 bp · LXL04_035377|LXL04_035377|OH1004|CDS

ATGGAGATCGAGGAAGAAAGAAGAACTGTTCCTCAAGTTCTCTACGAGACTCGTCATCATGCTTCTAGACCTTACTCTTCAAATTACCCTCCTGTTCATCAGCAGCTAAATGAAGGCACTAAAGGAGGTTTCCTCAGGTTTCTTTCGACGCAAGGTCTCAGTGAGTTTAGAGAAAAATGGACCACAAATAAAAATCCACAAAAGTTGACCAAATATATATCAATGTACGTATCTCCAAGTAGCGAACACGTGGCTATAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2312 aa · LXL04_035377|LXL04_035377|OH1004|PROTEIN

MEIEEERRTVPQVLYETRHHASRPYSSNYPPVHQQLNEGTKGGFLRFLSTQGLSEFREKWTTNKNPQKLTKYISMYVSPSSEHVAIAVGNTVTILQRDDNYQNPCGIFTCSYPITYTFGAWSEDHGVLGIIDNTDTLYFIRANGEEINRITKQHLKLPSPIISFGVHEDKDVKKSLLCTFSILASDGSVHDIEISQDPSASISTMSSSNAGSLSQKQFPQNISCCGSHPDSSLFAVVSSAASITSTSTLTSGPYSISIWQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035377`
TK1151 ID	TkA04G140590
OH-1004 ID	LXL04_035377
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 82.266 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035377

位置 Chr08:21401759-21411098 (+)

描述 Similar to MIP2: MAG2-interacting protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24350`	种子储存蛋白适当成熟所需的。	MAG2 and three MAG2-INTERACTING PROTEINs form an ER-localized complex to facilitate storage protein transport in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12347

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006624 vacuolar protein processing 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:2000623 negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G24350

dre:556592

hsa:51594

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.456

排名 1 · LXL04_035377 · OH-1004

细胞质0.420

排名 2 · LXL04_035377 · OH-1004

高尔基体0.097

排名 3 · LXL04_035377 · OH-1004

细胞膜0.076

排名 4 · LXL04_035377 · OH-1004

内质网0.071

排名 5 · LXL04_035377 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30506.1Beta-prop_MIP215-395 aa

PF24520.2ARM_KNTC1_1st442-636 aa

PF08314.18Sec39579-785 aa

PF08314.18Sec39901-1122 aa

PF26751.1All-alpha_MIP21638-1967 aa

PF26752.1MIP2_C1983-2212 aa

PF26752.1MIP2_C2213-2310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035377	`PF30506.1`	Beta-prop_MIP2	15	395	4.8e-155	516.9
LXL04_035377	`PF24520.2`	ARM_KNTC1_1st	442	636	1.5e-13	51.9
LXL04_035377	`PF08314.18`	Sec39	579	785	3.2e-30	106.0
LXL04_035377	`PF08314.18`	Sec39	901	1122	3.2e-30	106.0
LXL04_035377	`PF26751.1`	All-alpha_MIP2	1638	1967	8.4e-121	403.6
LXL04_035377	`PF26752.1`	MIP2_C	1983	2212	5.1e-107	358.4
LXL04_035377	`PF26752.1`	MIP2_C	2213	2310	5.1e-107	358.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIN7`	拟南芥	MAG2-interacting protein 2	46.914%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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