LXL04_035220 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035220

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 17831582-17832868 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

840 bp · LXL04_035220|LXL04_035220|OH1004|cDNA

atgGCTTCCGCGATCTTCAATCCTCCATATTTATCTCACCCTACATCGTCGCCATCAATATCACCCAAAATCGTTAGAAAATCCTCCATTTATGCTTCTCTCTCCAACTCTCAAATTATACGCTCTAAAACCCCAACCATCCGTTCTTTAACATGGGCTCCTCATATTGGTTTAACTCCATTTTCTTCTTGGAATGGCCTCAGGAACAATGGGTTATCAATCTCAATCCAATCTATAAAATTAGAAAAGAGAAAGAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

840 bp · LXL04_035220|LXL04_035220|OH1004|CDS

ATGGCTTCCGCGATCTTCAATCCTCCATATTTATCTCACCCTACATCGTCGCCATCAATATCACCCAAAATCGTTAGAAAATCCTCCATTTATGCTTCTCTCTCCAACTCTCAAATTATACGCTCTAAAACCCCAACCATCCGTTCTTTAACATGGGCTCCTCATATTGGTTTAACTCCATTTTCTTCTTGGAATGGCCTCAGGAACAATGGGTTATCAATCTCAATCCAATCTATAAAATTAGAAAAGAGAAAGAAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

279 aa · LXL04_035220|LXL04_035220|OH1004|PROTEIN

MASAIFNPPYLSHPTSSPSISPKIVRKSSIYASLSNSQIIRSKTPTIRSLTWAPHIGLTPFSSWNGLRNNGLSISIQSIKLEKRKKCKGKGVFASLFGVGAPEALVIGVVALLVFGPKGLADVAKNLGKTLRTFQPTIRELQEVSREFKSTLEKEIGLDELKNPVQGNYTSNIQRQTPPDTLQNSQLTPPPPATTTTTTTDSPATTEETPSVSQDDSGDTTAASPAATMEDSQATDDTKNGSPPSSKVYTSEELLKVTEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035220`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035220

位置 Chr08:17831582-17832868 (-)

描述 Similar to TATB: Sec-independent protein translocase protein TATB, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52440`	双精氨酸转运（Tat）系统的一部分，该系统将包含特征性双精氨酸基序的折叠大蛋白通过类囊体膜转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0580800`	双精氨酸转运（Tat）系统的一部分，该系统将包含特征性双精氨酸基序的折叠大蛋白通过类囊体膜转运。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035220 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0043953 protein transport by the Tat complex 生物过程

GO:0045038 protein import into chloroplast thylakoid membrane 生物过程

GO:1902458 positive regulation of stomatal opening 生物过程

GO:1903426 regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G52440

dosa:Os11g0580800

syc:syc1287_c

zma:732790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.975

排名 1 · LXL04_035220 · OH-1004

线粒体0.025

排名 2 · LXL04_035220 · OH-1004

细胞核0.022

排名 3 · LXL04_035220 · OH-1004

细胞质0.012

排名 4 · LXL04_035220 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_035220 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02416.22TatA_B_E97-142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035220	`PF02416.22`	TatA_B_E	97	142	1.2e-14	54.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XH75`	拟南芥	Sec-independent protein translocase protein TATB, chloroplastic	48.611%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R237`	水稻	Sec-independent protein translocase protein TATB, chloroplastic	50.276%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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