LXL04_035081 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035081

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 13674959-13677878 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1350 bp · LXL04_035081|LXL04_035081|OH1004|cDNA

ATGCTCTGCCTTTTCCCTTTCTTTGTTGTGGTGTTTCCTCTTCGGGCTCCGATTCCGACACATATTCGTTGTCGGATTCAATTTCTTCAAGTGGGGTTTGAGTTTGAGTTTGAGTTTGAGGTTGAGTTTGAGATGGATATTCCGAGGCAAATTGGTGTTGGAAATAATATTGGGATGATTGAGAGTGTTGTTGGGAGTGTTGAGATGATGGCGAATGAGGGTCGAAGGGTTGAAATTGTTGGTATTGgatttgttgttgt...

CDS

下载 CDS FASTA

1350 bp · LXL04_035081|LXL04_035081|OH1004|CDS

ATGCTCTGCCTTTTCCCTTTCTTTGTTGTGGTGTTTCCTCTTCGGGCTCCGATTCCGACACATATTCGTTGTCGGATTCAATTTCTTCAAGTGGGGTTTGAGTTTGAGTTTGAGTTTGAGGTTGAGTTTGAGATGGATATTCCGAGGCAAATTGGTGTTGGAAATAATATTGGGATGATTGAGAGTGTTGTTGGGAGTGTTGAGATGATGGCGAATGAGGGTCGAAGGGTTGAAATTGTTGGTATTGGATTTGTTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

449 aa · LXL04_035081|LXL04_035081|OH1004|PROTEIN

MLCLFPFFVVVFPLRAPIPTHIRCRIQFLQVGFEFEFEFEVEFEMDIPRQIGVGNNIGMIESVVGSVEMMANEGRRVEIVGIGFVVVVKDIAIVDLLMRKDCRLVLDLLLLLKILQLLISWCFFTKMGKISKADKKIAYDQKLCQLLDDYTQVLISAADNVGSNQLQNIRHGLRGDSVILMGKNTMMKRSIRMHSEKTGNTAYLNLIPLLVGNVGLIFTKGDLKEVSEEVAKYKVGAPARVGLVAPVDVVVPPGNTGLDP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035081`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035081

位置 Chr08:13674959-13677878 (+)

描述 Similar to 60S acidic ribosomal protein P0

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11250`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献
`At3g09200`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献
`At2g40010`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0130500`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035081 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40010

ath:AT3G09200

ath:AT3G11250

dosa:Os08g0130500

gmx:547816

osa:4344590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.488

排名 1 · LXL04_035081 · OH-1004

细胞核0.179

排名 2 · LXL04_035081 · OH-1004

内质网0.126

排名 3 · LXL04_035081 · OH-1004

线粒体0.125

排名 4 · LXL04_035081 · OH-1004

过氧化物酶体0.110

排名 5 · LXL04_035081 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00466.26Ribosomal_L10133-233 aa

PF17777.7RL10P_insert239-308 aa

PF00428.25Ribosomal_60s359-447 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035081	`PF00466.26`	Ribosomal_L10	133	233	1.5e-16	61.0
LXL04_035081	`PF17777.7`	RL10P_insert	239	308	1.1e-21	77.2
LXL04_035081	`PF00428.25`	Ribosomal_60s	359	447	3.2e-20	73.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P57691`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL10x	79.257%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42112`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL10y	85.560%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O04204`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL10z	75.701%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P41095`	水稻	Large ribosomal subunit protein uL10	76.250%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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