LXL04_034971 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034971

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 8057166-8058794 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1060 bp · LXL04_034971|LXL04_034971|OH1004|cDNA

TCCATCAACGATCTTCATCTTCTCAAGCTCCAAAATCTCTCTGCAGCAACAGGGGTTATCCTTGTCAAGGATCGAATCTTTTTGGTTGCTGCAGTAGattTGAGGAGAAATGGGAAAGAAGAGTTGGTTTTCCGCTGTAACGAAAGTTATATCCACTTCTTATCTCAAAGAGAAGAAACTCAAGAAATCCcataataaatcaaaatcaaccAAAAAAGCATGCCATGGAAATCGAATGAGCTTGGATAAATCTTTATCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

951 bp · LXL04_034971|LXL04_034971|OH1004|CDS

ATGGGAAAGAAGAGTTGGTTTTCCGCTGTAACGAAAGTTATATCCACTTCTTATCTCAAAGAGAAGAAACTCAAGAAATCCCATAATAAATCAAAATCAACCAAAAAAGCATGCCATGGAAATCGAATGAGCTTGGATAAATCTTTATCTCCAACAAAATCTATCCTTCCTATTCCCAAAGACGAGCCTAACCCCGAGTTTAAATACGAACCCATGGAACAAGATTCAAACCCCATCGCAATTCAAAACACAACATCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

316 aa · LXL04_034971|LXL04_034971|OH1004|PROTEIN

MGKKSWFSAVTKVISTSYLKEKKLKKSHNKSKSTKKACHGNRMSLDKSLSPTKSILPIPKDEPNPEFKYEPMEQDSNPIAIQNTTSQADAEVNCVQSREDMAAIKIQKVYRGYMVRKGSNPLKAWRKLKMYMISHAVKRQGVSSLMSIQTMARVQSEVRTRKIRMAQVNEQLHQKRLNKLNIAKSSERSGWDLSPKSKEQVEESRRRKMEAIERKEKVLAFTNTRQQTWRKNLQKSASSKWDVVRPWETGSVGVMTKRQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034971`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034971

位置 Chr08:8057166-8058794 (+)

描述 Similar to IQD1: Protein IQ-DOMAIN 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03040`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g09710`	可能参与与钙调蛋白或钙调蛋白样蛋白的协同相互作用。	Arabidopsis IQD1, a novel calmodulin-binding nuclear protein, stimulates glucosinolate accumulation and plant defense.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02435.x Arabidopsis calmodulin-binding protein IQ67-domain 1 localizes to microtubules and interacts with kinesin light chain-related protein-1.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.396200
`At3g52290`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g26410`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g59690`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034971 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:2000652 regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26410

ath:AT3G09710

ath:AT3G52290

ath:AT3G59690

ath:AT5G03040

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.435

排名 1 · LXL04_034971 · OH-1004

细胞膜0.376

排名 2 · LXL04_034971 · OH-1004

细胞核0.337

排名 3 · LXL04_034971 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_034971 · OH-1004

质体0.025

排名 5 · LXL04_034971 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00612.34IQ101-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034971	`PF00612.34`	IQ	101	117	5.3e-06	26.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZH7`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 2	32.296%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SF32`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 1	34.884%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FT53`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 3	36.774%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4IUJ7`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 4	32.386%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M199`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 13	35.556%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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