LXL04_034702 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034702

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 114304938-114311322 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4098 bp · LXL04_034702|LXL04_034702|OH1004|cDNA

ATGTCGTGGGGATTAGCTTGGAAGAGGCTATCTGATGTGTTTCATCTATCTTTACATTACGGCACGGAGGAAACAATAGATGATCAAAACCGATCACCTTCATCATCACCACCGCCTTCGTCAGGATCATCGTCGGAGTCTTCGTCAAAAGACAACCATATTTGTAACGACCAAGAGTTAGGGTTTCGAATAGATCTCGATTGGAATGCTGCAGATGACGATGCCCAGGTTGCATTGAGGCTTCAGTCTCAGGTAATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4098 bp · LXL04_034702|LXL04_034702|OH1004|CDS

ATGTCGTGGGGATTAGCTTGGAAGAGGCTATCTGATGTGTTTCATCTATCTTTACATTACGGCACGGAGGAAACAATAGATGATCAAAACCGATCACCTTCATCATCACCACCGCCTTCGTCAGGATCATCGTCGGAGTCTTCGTCAAAAGACAACCATATTTGTAACGACCAAGAGTTAGGGTTTCGAATAGATCTCGATTGGAATGCTGCAGATGACGATGCCCAGGTTGCATTGAGGCTTCAGTCTCAGGTAATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1365 aa · LXL04_034702|LXL04_034702|OH1004|PROTEIN

MSWGLAWKRLSDVFHLSLHYGTEETIDDQNRSPSSSPPPSSGSSSESSSKDNHICNDQELGFRIDLDWNAADDDAQVALRLQSQVMVALPLPQDTVVITLSACDGSGGDGDGDGNLVSVGMKVVKQRDPLRAVAMSRVGGSGQQYDGMGVLTKLMQSDFAAESGSGTGQAVGAGVRLCPDHWVNVTVVSVYNCGLSTLPVELTKLPLLEKLYLDNNKLSNLPPELGDMKSLKVLTVDYNMLVAVPVELRKCIGLVELSLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034702`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034702

位置 Chr07:114304938-114311322 (+)

描述 Similar to PLA1: Phospholipase A I

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61850`	具有非特异性脂肪分解酰基水解酶活性。	AtPLAI is an acyl hydrolase involved in basal jasmonic acid production and Arabidopsis resistance to Botrytis cinerea.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m700405200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034702 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程

GO:0032048 cardiolipin metabolic process 生物过程

GO:0034638 phosphatidylcholine catabolic process 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043651 linoleic acid metabolic process 生物过程

GO:0046338 phosphatidylethanolamine catabolic process 生物过程

GO:0050482 arachidonate secretion 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

hsa:50640

mmu:67452

ocu:100328577

rno:314075

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.405

排名 1 · LXL04_034702 · OH-1004

细胞核0.291

排名 2 · LXL04_034702 · OH-1004

细胞膜0.151

排名 3 · LXL04_034702 · OH-1004

线粒体0.140

排名 4 · LXL04_034702 · OH-1004

内质网0.122

排名 5 · LXL04_034702 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799.14LRR_4184-222 aa

PF13855.13LRR_8207-264 aa

PF00514.30Arm366-405 aa

PF01734.28Patatin551-829 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034702	`PF12799.14`	LRR_4	184	222	1.6e-10	41.5
LXL04_034702	`PF13855.13`	LRR_8	207	264	3.2e-08	33.9
LXL04_034702	`PF00514.30`	Arm	366	405	6.1e-10	39.5
LXL04_034702	`PF01734.28`	Patatin	551	829	4.3e-18	66.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HX15`	拟南芥	Phospholipase A I	61.475%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情