LXL04_034616 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034616

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 110981730-110988601 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3409 bp · LXL04_034616|LXL04_034616|OH1004|cDNA

CCAAGTCATCTAGAAGATTCGCGTTCTCCCAACGCCAAAAACTCCATAAAACCCCTCACGATTTCCTCCCACATTCTTGGCAGCTGTCTTTcgtctctttctctctctaaaaATCCGAATTCTgagtttttgtttttatttttgcTAATTTGGATCCGATATGAGGAGTTCCAATTTCTACGAGAGGTTTTCTCAAGCGTTTCGTCAACATCCTTCTCTTTCGAGATTTCTCGTTGTTTCCTTCGTCAGTGGTGGGGGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3249 bp · LXL04_034616|LXL04_034616|OH1004|CDS

ATGAGGAGTTCCAATTTCTACGAGAGGTTTTCTCAAGCGTTTCGTCAACATCCTTCTCTTTCGAGATTTCTCGTTGTTTCCTTCGTCAGTGGTGGGGGTCTTGTGGCTTATTCGGATGCAAATCTTCTAAGTAGTCCAAAGATCGATGAATTACCAGAGTCAGGCAACAAGAAAAAAAGGGTGGTGGTTCTTGGAACTGGTTGGGCTGCAACAAGTTTCTTGAGAAATTTGAAGGATCCATCATTCGATGTCCAAGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1082 aa · LXL04_034616|LXL04_034616|OH1004|PROTEIN

MRSSNFYERFSQAFRQHPSLSRFLVVSFVSGGGLVAYSDANLLSSPKIDELPESGNKKKRVVVLGTGWAATSFLRNLKDPSFDVQVVSPRNYFAFTPLLPSVTVGTVEARSVVEPVRNIVKKKNVNVGFMEAECYKIDAKNKKVYCRSIQNENEEFIVDYDYLVVAMGARVNTFNTPGVEENCLYLKEVEDALKIRRTVIDCFEKASLPNISEDERKRMLQFVVVGGGPTGVEFAAELHDFVSEDLVRLYPAVKDLVKIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034616`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034616

位置 Chr07:110981730-110988601 (-)

描述 Similar to NDB2: External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05020`	替代型 NADH-泛醌氧化还原酶，可催化线粒体 NADH 的氧化，但不在内线粒体膜上转运质子（通过相似性推测）。	Ca2+-binding and Ca2+-independent respiratory NADH and NADPH dehydrogenases of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704674200
`At4g21490`	替代性NADH-泛醌氧化还原酶，催化线粒体NADH的氧化，但不将质子跨内线粒体膜转运。	暂无已核实直接文献
`At2g20800`	替代型 NADH-泛醌氧化还原酶，可催化线粒体 NADH 的氧化，但不在内线粒体膜上转运质子（通过相似性推测）。	Ca2+-binding and Ca2+-independent respiratory NADH and NADPH dehydrogenases of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704674200 Alterations in the mitochondrial alternative NAD(P)H Dehydrogenase NDB4 lead to changes in mitochondrial electron transport chain composition, plant growth and response to oxidative stress.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr073

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034616 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005758 mitochondrial intermembrane space 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031314 extrinsic component of mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0003954 NADH dehydrogenase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0009916 alternative oxidase activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0120555 NADH dehydrogenase (ubiquinone) (non-electrogenic) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20800

ath:AT4G05020

ath:AT4G21490

sot:102591773

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.374

排名 1 · LXL04_034616 · OH-1004

细胞质0.208

排名 2 · LXL04_034616 · OH-1004

细胞核0.154

排名 3 · LXL04_034616 · OH-1004

质体0.142

排名 4 · LXL04_034616 · OH-1004

过氧化物酶体0.085

排名 5 · LXL04_034616 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_260-376 aa

PF00070.34Pyr_redox222-306 aa

PF00036.39EF-hand_1382-406 aa

PF22366.2NDH2_C514-575 aa

PF00447.24HSF_DNA-bind609-699 aa

PF00447.24HSF_DNA-bind841-885 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034616	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	60	376	2.9e-52	178.6
LXL04_034616	`PF00070.34`	Pyr_redox	222	306	2.5e-11	44.6
LXL04_034616	`PF00036.39`	EF-hand_1	382	406	4.6e-06	26.5
LXL04_034616	`PF22366.2`	NDH2_C	514	575	2.7e-15	57.0
LXL04_034616	`PF00447.24`	HSF_DNA-bind	609	699	2.9e-28	99.0
LXL04_034616	`PF00447.24`	HSF_DNA-bind	841	885	2.9e-28	99.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BV7`	拟南芥	External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B2, mitochondrial	74.182%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JJJ3`	拟南芥	External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B3, mitochondrial	72.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SKT7`	拟南芥	External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B4, mitochondrial	65.983%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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