LXL04_034458 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034458

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 101562410-101566634 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2763 bp · LXL04_034458|LXL04_034458|OH1004|cDNA

ATGTCGATTCCAAGCGACTTGTATCCAAGCCAAGACGATCTTCTGTACGAGGAAGAACTCCTCAGAAACCCCTTTAGTCTCAAGCTATGGTGGCGTTACTTAATTGCACGAACCGAATCTCCCTTCAAGAAAAGAGCCGTAATCTACGAACGAGCGCTCAAAGCTCTTCCCGGAAGCTACAAACTATGGCATGCTTACCTCCGCGAACGCCTCGAATTGGTACGTAATTTACCCATTTCTCACTCACAATACCAAACCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2763 bp · LXL04_034458|LXL04_034458|OH1004|CDS

ATGTCGATTCCAAGCGACTTGTATCCAAGCCAAGACGATCTTCTGTACGAGGAAGAACTCCTCAGAAACCCCTTTAGTCTCAAGCTATGGTGGCGTTACTTAATTGCACGAACCGAATCTCCCTTCAAGAAAAGAGCCGTAATCTACGAACGAGCGCTCAAAGCTCTTCCCGGAAGCTACAAACTATGGCATGCTTACCTCCGCGAACGCCTCGAATTGGTACGTAATTTACCCATTTCTCACTCACAATACCAAACCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

920 aa · LXL04_034458|LXL04_034458|OH1004|PROTEIN

MSIPSDLYPSQDDLLYEEELLRNPFSLKLWWRYLIARTESPFKKRAVIYERALKALPGSYKLWHAYLRERLELVRNLPISHSQYQTLNNTFERALVTMHKMPRIWFMYLTSLTEQKLVTRTRRTFDRALCALPVTQHERIWDPYLVFVSQRGVPIETSLRVYRRYLKYDPGHIENLIEFLLNSGLWQEAAERLAGVLNDDRFYSIKGKTKHRLWLELCDLLTQHATEISGLNVDAIIRGGIRKFTDEVGRLWTSLADYYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034458`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_034458`
位置	Chr07:101562410-101566634 (-)
描述	Similar to Xab2: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_034458` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000349 generation of catalytic spliceosome for first transesterification step 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0277977 dme:Dmel_CG6197 hsa:56949 mmu:67439 rno:245976 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.933

排名 1 · LXL04_034458 · OH-1004

细胞质0.130

排名 2 · LXL04_034458 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_034458 · OH-1004

线粒体0.016

排名 4 · LXL04_034458 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_034458 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23233.2HAT_Syf1_CNRKL1_N12-170 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N16-144 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N80-169 aa

PF23241.2HAT_PRP39_C80-178 aa

PF23220.2HAT_Syf1_M173-320 aa

PF23220.2HAT_Syf1_M352-414 aa

PF29376.1PRP6_TPR379-493 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N380-546 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034458	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	12	170	7.5e-73	244.3
LXL04_034458	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	16	144	2e-29	103.5
LXL04_034458	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	80	169	2e-29	103.5
LXL04_034458	`PF23241.2`	HAT_PRP39_C	80	178	2.8e-28	99.4
LXL04_034458	`PF23220.2`	HAT_Syf1_M	173	320	5e-86	288.7
LXL04_034458	`PF23220.2`	HAT_Syf1_M	352	414	5e-86	288.7
LXL04_034458	`PF29376.1`	PRP6_TPR	379	493	2.5e-17	63.4
LXL04_034458	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	380	546	2e-29	103.5
LXL04_034458	`PF23231.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	416	809	7.3e-191	634.9
LXL04_034458	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	512	654	7.5e-73	244.3
LXL04_034458	`PF23241.2`	HAT_PRP39_C	514	580	2.8e-28	99.4
LXL04_034458	`PF29376.1`	PRP6_TPR	518	776	2.5e-17	63.4
LXL04_034458	`PF05843.21`	Suf	518	662	1.5e-13	50.9
LXL04_034458	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	555	687	7.5e-73	244.3
LXL04_034458	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	555	622	2e-29	103.5
LXL04_034458	`PF23241.2`	HAT_PRP39_C	585	670	2.8e-28	99.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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