基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_034312
当前版本: OH-1004
染色体: Chr07
坐标: 96215439-96227305
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA8259 bp · LXL04_034312|LXL04_034312|OH1004|cDNA
ATGGAGGAAAATCAAGATTACTCCATCCGGGATCACAAGCTCTGTGGTTACTTGTGCGTTGTCCTCTCGATTTCCAATAATAACACTCAGAATCAGAGCGTCGACAATAGCATTACCAAAATCCCAATTGTCAACACTTCGTGTGATATTTTTCGAGATGGAACTGATGTCGGTTTTGTGTCGCCCGACGGATTTGTATTGTCCTTAATTAATTCAAGCTCCATCAACTCTAGTCCGACCGACGGGGAAGGCACGGAGAC...
CDS
下载 CDS FASTA8259 bp · LXL04_034312|LXL04_034312|OH1004|CDS
ATGGAGGAAAATCAAGATTACTCCATCCGGGATCACAAGCTCTGTGGTTACTTGTGCGTTGTCCTCTCGATTTCCAATAATAACACTCAGAATCAGAGCGTCGACAATAGCATTACCAAAATCCCAATTGTCAACACTTCGTGTGATATTTTTCGAGATGGAACTGATGTCGGTTTTGTGTCGCCCGACGGATTTGTATTGTCCTTAATTAATTCAAGCTCCATCAACTCTAGTCCGACCGACGGGGAAGGCACGGAGAC...
2752 aa · LXL04_034312|LXL04_034312|OH1004|PROTEIN
MEENQDYSIRDHKLCGYLCVVLSISNNNTQNQSVDNSITKIPIVNTSCDIFRDGTDVGFVSPDGFVLSLINSSSINSSPTDGEGTETPHKSKSECGGGSMGVSRKKLSKIGLVHGSVSVVHQLQALVNKKCMNITSRVVRIARNEESGEVRVVVLVDVYLPISLWSGWQFPRSRSTAAALFRHLSCDWKTRETILDYKKPDPTINTQIWNISDCHVLGCTHHCNSPDTSRNKLFDLHEIFKTLPSISTKGDFVISKLNPA...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_034312 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_034312 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr07:96215439-96227305 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to At3g54460: F-box protein At3g54460 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004386 helicase activity 分子功能 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G54460 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.638
细胞质0.318
线粒体0.067
细胞膜0.040
内质网0.033
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF12937.13F-box-like270-303 aaPF00176.30SNF2-rel_dom316-902 aaPF07496.22zf-CW500-543 aaPF14244.13Retrotran_gag_31025-1070 aaPF14223.15Retrotran_gag_21051-1161 aaPF22936.2Pol_BBD1361-1434 aaPF13976.12gag_pre-integrs1481-1539 aaPF00665.33rve1557-1653 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_034312 | PF12937.13 | F-box-like | 270 | 303 | 6e-06 | 26.6 |
| LXL04_034312 | PF00176.30 | SNF2-rel_dom | 316 | 902 | 4.2e-61 | 207.3 |
| LXL04_034312 | PF07496.22 | zf-CW | 500 | 543 | 1.5e-13 | 51.2 |
| LXL04_034312 | PF14244.13 | Retrotran_gag_3 | 1025 | 1070 | 3.1e-06 | 27.6 |
| LXL04_034312 | PF14223.15 | Retrotran_gag_2 | 1051 | 1161 | 1.3e-07 | 32.3 |
| LXL04_034312 | PF22936.2 | Pol_BBD | 1361 | 1434 | 4.8e-20 | 72.4 |
| LXL04_034312 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 1481 | 1539 | 1.1e-15 | 57.9 |
| LXL04_034312 | PF00665.33 | rve | 1557 | 1653 | 1.5e-12 | 48.4 |
| LXL04_034312 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 1732 | 1792 | 7.2e-25 | 87.3 |
| LXL04_034312 | PF07727.20 | RVT_2 | 2003 | 2247 | 3e-79 | 266.8 |
| LXL04_034312 | PF00271.38 | Helicase_C | 2583 | 2682 | 6.1e-11 | 43.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。