LXL04_034258 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034258

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 93599345-93601559 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1146 bp · LXL04_034258|LXL04_034258|OH1004|cDNA

ATGCTTGGTGGATTATACGGAGACTTACCTCCTCCATCATCCACCGATGAGGATTCGCACAACAGAGTCACCAATCCCTCCTCCAATGTTTGGTCAAGCAGCGTCAAAATGGCACCACCAACTCTCCGCAaaccatcttcttcttcactcaTCCCGCCCCCCAAAACCCTTCTGAAACCCCAACAAACCAAACCCAGAATCGTTAATCCACCCGCAGTTACCCCAGTGCCAGATGTGATCACCAGAAGCTCATCGTTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · LXL04_034258|LXL04_034258|OH1004|CDS

ATGCTTGGTGGATTATACGGAGACTTACCTCCTCCATCATCCACCGATGAGGATTCGCACAACAGAGTCACCAATCCCTCCTCCAATGTTTGGTCAAGCAGCGTCAAAATGGCACCACCAACTCTCCGCAAACCATCTTCTTCTTCACTCATCCCGCCCCCCAAAACCCTTCTGAAACCCCAACAAACCAAACCCAGAATCGTTAATCCACCCGCAGTTACCCCAGTGCCAGATGTGATCACCAGAAGCTCATCGTTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

381 aa · LXL04_034258|LXL04_034258|OH1004|PROTEIN

MLGGLYGDLPPPSSTDEDSHNRVTNPSSNVWSSSVKMAPPTLRKPSSSSLIPPPKTLLKPQQTKPRIVNPPAVTPVPDVITRSSSFQPALVGVTSSVEEEYDPARPNDYEEYKRERKRKAAEAEMKRELDRRRQEEEEREKREKENMEKEREKDYNISGEEAWKRRAAMSGGGGGGVPRRSPSPPSGGADGFSIEKSETGGLGVGAGGQMTAAQRMMAKMGWKAGQGLGKQEQGITTPLMAKKTDRRAGVIVNASEPKQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034258`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034258

位置 Chr07:93599345-93601559 (+)

描述 Similar to DRT111: DNA-damage-repair/toleration protein DRT111, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30480`	可能通过调控前体 mRNA 的可变剪接，参与光形态建成。	Splicing of receptor-like kinase-encoding SNC4 and CERK1 is regulated by two conserved splicing factors that are required for plant immunity.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu103 SPF45-related splicing factor for phytochrome signaling promotes photomorphogenesis by regulating pre-mRNA splicing in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1706379114 DRT111/SFPS Splicing Factor Controls Abscisic Acid Sensitivity during Seed Development and Germination.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00037 SWAP1-SFPS-RRC1 splicing factor complex modulates pre-mRNA splicing to promote photomorphogenesis in Arabidopsis .2022 · DOI: 10.1073/pnas.2214565119 Two cDNAs from the plant Arabidopsis thaliana that partially restore recombination proficiency and DNA-damage resistance to E. coli mutants lacking recombination-intermediate-resolution activities.1993 · DOI: 10.1093/nar/21.7.1647

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034258 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006376 mRNA splice site recognition 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30480

bta:512824

dre:415211

hsa:84991

mmu:76938

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.921

排名 1 · LXL04_034258 · OH-1004

细胞质0.216

排名 2 · LXL04_034258 · OH-1004

线粒体0.021

排名 3 · LXL04_034258 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_034258 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_034258 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01585.29G-patch211-251 aa

PF29326.1RRM_MUD2_C275-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034258	`PF01585.29`	G-patch	211	251	1.6e-17	63.8
LXL04_034258	`PF29326.1`	RRM_MUD2_C	275	368	1.2e-07	32.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42698`	拟南芥	DNA-damage-repair/toleration protein 111	69.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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