LXL04_034032 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034032

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 77034631-77037887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

953 bp · LXL04_034032|LXL04_034032|OH1004|cDNA

CTTGTGGGATGACAACAGAATTATATATCAAAGAGTCCATGAGATTTAGCTACTCAGAGATTCATCTTGCTACAAATTATTTTTCAAAAGAAAACCTGTTAGGTGAAGGAGGTTATGGTCTTGTTTACAAGGGTCAGCTCGATGATGGCCAAATCATAGCTGCTAAAGTGCGTAAACAAGCAAGCACACAAGGATTTGAAGAATTCCATTCTGAAATTTATGTTTTGAGTTTTGCCCGCCATAGAAACATCGTCATGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · LXL04_034032|LXL04_034032|OH1004|CDS

ATGACAACAGAATTATATATCAAAGAGTCCATGAGATTTAGCTACTCAGAGATTCATCTTGCTACAAATTATTTTTCAAAAGAAAACCTGTTAGGTGAAGGAGGTTATGGTCTTGTTTACAAGGGTCAGCTCGATGATGGCCAAATCATAGCTGCTAAAGTGCGTAAACAAGCAAGCACACAAGGATTTGAAGAATTCCATTCTGAAATTTATGTTTTGAGTTTTGCCCGCCATAGAAACATCGTCATGCTCTTAGGATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · LXL04_034032|LXL04_034032|OH1004|PROTEIN

MTTELYIKESMRFSYSEIHLATNYFSKENLLGEGGYGLVYKGQLDDGQIIAAKVRKQASTQGFEEFHSEIYVLSFARHRNIVMLLGYCCKENINILVYEYICNRSLEWHLFDEATKVLEWRQRHAIAIGTAKGLRFLHEECRSSPIIHRDLRPSNILLTHDFVPMLGDFGLAKWKTNDSPIQTRILGTLGYLAPEYAENGMVSVRTDVYAYGITLIQIISGRKAVTVDTQDHHESLRQWAEPLVERLALHDLIDPRLGDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034032`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034032

位置 Chr07:77034631-77037887 (-)

描述 Similar to CDG1: Serine/threonine-protein kinase CDG1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70460`	负向调控根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At1g23540`	在枝条分枝过程中调节生长素相关的 MAX（更多侧枝生长）途径。	Over-expression of the IGI1 leading to altered shoot-branching development related to MAX pathway in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9645-0
`At5g38560`	可能参与根生长的负调控。	PERK-KIPK-KCBP signalling negatively regulates root growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1093/jxb/eru390
`At3g26940`	参与正向调控油菜素甾醇（BR）信号转导和植物生长的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At3g24540`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034032 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23540

ath:AT1G70460

ath:AT3G26940

ath:AT5G38560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.486

排名 1 · LXL04_034032 · OH-1004

细胞质0.444

排名 2 · LXL04_034032 · OH-1004

细胞核0.279

排名 3 · LXL04_034032 · OH-1004

高尔基体0.039

排名 4 · LXL04_034032 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_034032 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase26-292 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr28-293 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034032	`PF00069.32`	Pkinase	26	292	4.7e-40	138.4
LXL04_034032	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	28	293	1.7e-36	126.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAL8`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK13	45.578%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUE0`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK12	44.178%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFW5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK8	43.448%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSE1`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase CDG1	42.173%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PEM5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK3	42.561%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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