LXL04_033784 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033784

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 57455926-57459052 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1185 bp · LXL04_033784|LXL04_033784|OH1004|cDNA

ATGCCTCCGAAGGCAGCTAAATCAAAGGTGGCACCGGTGGAGAGGCCGATCCTTGGCCGTTTCTCGTCTCATCTTAAAATCGGAATCGTTGGATTGCCGAACGTAGGAAAATCTACGCTCTTCAACACACTTACGAAGCTGTCTATACCAGCCGAGAACTTCCCATTTTGTACAATTGAACCTAATGAGGCACGCGTTCATATTCCAGATGAGCGATTTGAGTGGCTGTGTCAGCAATTCAAGCCAAAGACCGAGGTGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1185 bp · LXL04_033784|LXL04_033784|OH1004|CDS

ATGCCTCCGAAGGCAGCTAAATCAAAGGTGGCACCGGTGGAGAGGCCGATCCTTGGCCGTTTCTCGTCTCATCTTAAAATCGGAATCGTTGGATTGCCGAACGTAGGAAAATCTACGCTCTTCAACACACTTACGAAGCTGTCTATACCAGCCGAGAACTTCCCATTTTGTACAATTGAACCTAATGAGGCACGCGTTCATATTCCAGATGAGCGATTTGAGTGGCTGTGTCAGCAATTCAAGCCAAAGACCGAGGTGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

394 aa · LXL04_033784|LXL04_033784|OH1004|PROTEIN

MPPKAAKSKVAPVERPILGRFSSHLKIGIVGLPNVGKSTLFNTLTKLSIPAENFPFCTIEPNEARVHIPDERFEWLCQQFKPKTEVSAFLEIHDIAGLVKGAHEGQGLGNNFLSHIRAVDGIFHVLRAFEDPDIIHVDDSVDPIRDLDVISAELRLKDIEFMERRIDDLEKSLKRSNDKQLKVEHELCLKVKSWLNEGKDVRLGDWKAADIEILNTFQLLTAKPVVYLVNMNEKDYQRKKNKFLPKIHTWVQDHGGEPII...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033784`
TK1151 ID	TkA03G555100
OH-1004 ID	LXL04_033784
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 56.345 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033784

位置 Chr07:57455926-57459052 (-)

描述 Similar to YchF1: Obg-like ATPase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30580`	水解 ATP，并且也可以以较低效率水解 GTP。	The unconventional P-loop NTPase OsYchF1 and its regulator OsGAP1 play opposite roles in salinity stress tolerance.2013 · DOI: 10.1111/pce.12108

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0199300`	水解 ATP，并且也可以以较低效率水解 GTP。	An ancient P-loop GTPase in rice is regulated by a higher plant-specific regulatory protein.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.172080 ATP binding by the P-loop NTPase OsYchF1 (an unconventional G protein) contributes to biotic but not abiotic stress responses.2016 · DOI: 10.1073/pnas.1522966113
`UniProt: B8BBN7`	水解 ATP，并且也可以以较低效率水解 GTP。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033784 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0046034 ATP metabolic process 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1901001 negative regulation of response to salt stress 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30580

dosa:Os08g0199300

gga:424144

hsa:29789

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.828

排名 1 · LXL04_033784 · OH-1004

细胞核0.293

排名 2 · LXL04_033784 · OH-1004

线粒体0.079

排名 3 · LXL04_033784 · OH-1004

内质网0.045

排名 4 · LXL04_033784 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 5 · LXL04_033784 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926.30MMR_HSR126-131 aa

PF02421.25FeoB_N26-72 aa

PF06071.20YchF-GTPase_C304-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033784	`PF01926.30`	MMR_HSR1	26	131	2e-20	73.7
LXL04_033784	`PF02421.25`	FeoB_N	26	72	1e-07	32.3
LXL04_033784	`PF06071.20`	YchF-GTPase_C	304	387	5.1e-39	133.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SA73`	拟南芥	Obg-like ATPase 1	84.010%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z1J6`	水稻	Obg-like ATPase 1	82.995%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8BBN7`	水稻	Obg-like ATPase 1	82.741%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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