LXL04_033497 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033497

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 45725564-45729650 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2382 bp · LXL04_033497|LXL04_033497|OH1004|cDNA

atGACCATGGTACCAGCAAAAGAAGGAGTTTCCATGTCGTATCAGATTCCGGTCTTGACTCCGATAAACTATTCGGTGTGGGCTGTCAAGGTGAAGTCAATTATGGATGCATATGGGCTGTGGGAGACGGTCAAACCAAGGAATTTAGGTGAAGAACCGGAtctgaaaaagaagaagcaagCACTTGCCTTCCTGTTTCAAGCAATACCGGAAGAAATGGTGTTGCAAATGTCCGATTACACCGATCCAAAAAGGGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2382 bp · LXL04_033497|LXL04_033497|OH1004|CDS

ATGACCATGGTACCAGCAAAAGAAGGAGTTTCCATGTCGTATCAGATTCCGGTCTTGACTCCGATAAACTATTCGGTGTGGGCTGTCAAGGTGAAGTCAATTATGGATGCATATGGGCTGTGGGAGACGGTCAAACCAAGGAATTTAGGTGAAGAACCGGATCTGAAAAAGAAGAAGCAAGCACTTGCCTTCCTGTTTCAAGCAATACCGGAAGAAATGGTGTTGCAAATGTCCGATTACACCGATCCAAAAAGGGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

793 aa · LXL04_033497|LXL04_033497|OH1004|PROTEIN

MTMVPAKEGVSMSYQIPVLTPINYSVWAVKVKSIMDAYGLWETVKPRNLGEEPDLKKKKQALAFLFQAIPEEMVLQMSDYTDPKRVWEGLKTRYLGVDRVRTTRLSTLKRELESLRMKEGETVDDFAAKLSGLASKARSLGHELEEVDLVKRLLDSMPKSFLQIVASIEQCFELDTMFFDEAVGRLKAYEERIKGSEKMEDIHGGLYLSKEEKSDGCMHCGSGGSHRDGFGCGRGRGRGSGRSQDGKERVRDKSHVKCYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033497`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033497

位置 Chr07:45725564-45729650 (+)

描述 Similar to At1g13570: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At5g38590`	FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g38590。	暂无已核实直接文献
`At2g04230`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At2g04230。	暂无已核实直接文献
`At1g32375`	可能的 FBD 相关 F-box 蛋白 At1g32375。	暂无已核实直接文献
`At3g58860`	假定的F-box蛋白 At3g58860。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033497 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT1G32375

ath:AT2G04230

ath:AT3G58860

ath:AT5G38590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.706

排名 1 · LXL04_033497 · OH-1004

细胞质0.298

排名 2 · LXL04_033497 · OH-1004

内质网0.056

排名 3 · LXL04_033497 · OH-1004

细胞膜0.048

排名 4 · LXL04_033497 · OH-1004

质体0.029

排名 5 · LXL04_033497 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223.15Retrotran_gag_232-197 aa

PF00646.39F-box377-414 aa

PF24758.2LRR_At5g56370471-690 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033497	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	32	197	2.1e-21	77.1
LXL04_033497	`PF00646.39`	F-box	377	414	1.6e-06	28.5
LXL04_033497	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	471	690	2.4e-08	34.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	32.697%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFW2`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At5g38590	26.131%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NKX3`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230	33.929%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQM1`	拟南芥	Probable FBD-associated F-box protein At1g32375	21.903%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LXR6`	拟南芥	Putative F-box protein At3g58860	25.442%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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