LXL04_033479 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033479

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 45028544-45034471 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2814 bp · LXL04_033479|LXL04_033479|OH1004|cDNA

ATGGCGGCAGGAGGCGGCGGAGGGAGGGCAATCAGGGTGCTGAATGTGGCGGAGAAGCCGTCGGTGGCAAAGACGGTATCGGGAATATTATCGAGTAACCAGGGGTTGAGAACGCGAGAGGGGCGGTCAAGGTACAACAAAGTGTTCGAGTTCAATTACACGATTCAAGGGCAGCCTTGCCAGATGCTCTTCACGTCCGTGACTGGACATCTCATGGAAATAGAGTTTGAAAGCCGCTATCGGAAGTGGAGCTCTTGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2814 bp · LXL04_033479|LXL04_033479|OH1004|CDS

ATGGCGGCAGGAGGCGGCGGAGGGAGGGCAATCAGGGTGCTGAATGTGGCGGAGAAGCCGTCGGTGGCAAAGACGGTATCGGGAATATTATCGAGTAACCAGGGGTTGAGAACGCGAGAGGGGCGGTCAAGGTACAACAAAGTGTTCGAGTTCAATTACACGATTCAAGGGCAGCCTTGCCAGATGCTCTTCACGTCCGTGACTGGACATCTCATGGAAATAGAGTTTGAAAGCCGCTATCGGAAGTGGAGCTCTTGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

937 aa · LXL04_033479|LXL04_033479|OH1004|PROTEIN

MAAGGGGGRAIRVLNVAEKPSVAKTVSGILSSNQGLRTREGRSRYNKVFEFNYTIQGQPCQMLFTSVTGHLMEIEFESRYRKWSSCDPVDLFQAPIRKHVPEDKLDIKKTLEEEARKCQWLVLWLDCDREGENIAFEVVEVCSNANSHLNIWRARFSSLIEREIHQAAQQLQRPNQLFSDAVDVRQEIDLRIGASFTRFQTMLLKDAFVFNFSTDGRNLVLSYGPCQFPTLGFVVERYWEIQAHEPEEFWKIQCTHTADE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033479`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033479

位置 Chr07:45028544-45034471 (+)

描述 Similar to TOP3A: DNA topoisomerase 3-alpha

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63920`	通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0165000`	通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033479 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0032042 mitochondrial DNA metabolic process 生物过程

GO:0051304 chromosome separation 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0071139 resolution of DNA recombination intermediates 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63920

ddi:DDB_G0275257

dosa:Os03g0165000

hsa:7156

mmu:21975

osa:9269718

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.689

排名 1 · LXL04_033479 · OH-1004

细胞质0.374

排名 2 · LXL04_033479 · OH-1004

线粒体0.075

排名 3 · LXL04_033479 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 4 · LXL04_033479 · OH-1004

内质网0.033

排名 5 · LXL04_033479 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01751.29Toprim14-158 aa

PF01131.26Topoisom_bac175-593 aa

PF06839.18Zn_ribbon_GRF825-865 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033479	`PF01751.29`	Toprim	14	158	2e-12	47.8
LXL04_033479	`PF01131.26`	Topoisom_bac	175	593	1.2e-108	364.5
LXL04_033479	`PF06839.18`	Zn_ribbon_GRF	825	865	1.6e-08	35.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVP1`	拟南芥	DNA topoisomerase 3-alpha	64.706%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C7J0A2`	水稻	DNA topoisomerase 3-alpha	63.087%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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