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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_033415
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 43282074-43287198 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3636 bp · LXL04_033415|LXL04_033415|OH1004|cDNA

ATGAGCCAGGGGTTGGATGACGGCGATGCCGACGCCTTGTCTGCTCTGGCCAACGCTCCTCCGCCTTCCACCGCCGGCACCAGGAAAACACATTCCCAACAGCTCCGTACAAACACCGGTACCAACTTCAAACGCCACCTAAACCAGAACCACCGCCAGCACAGCCTTGATGAGGCCCGTATGTCCGCCGTTGTTGAAGGATTTCGTAACCACTCCGACGAGGACGACGATCATGACTTTTATCCTTACGCCACATCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3636 bp · LXL04_033415|LXL04_033415|OH1004|CDS

ATGAGCCAGGGGTTGGATGACGGCGATGCCGACGCCTTGTCTGCTCTGGCCAACGCTCCTCCGCCTTCCACCGCCGGCACCAGGAAAACACATTCCCAACAGCTCCGTACAAACACCGGTACCAACTTCAAACGCCACCTAAACCAGAACCACCGCCAGCACAGCCTTGATGAGGCCCGTATGTCCGCCGTTGTTGAAGGATTTCGTAACCACTCCGACGAGGACGACGATCATGACTTTTATCCTTACGCCACATCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1211 aa · LXL04_033415|LXL04_033415|OH1004|PROTEIN

MSQGLDDGDADALSALANAPPPSTAGTRKTHSQQLRTNTGTNFKRHLNQNHRQHSLDEARMSAVVEGFRNHSDEDDDHDFYPYATSSSLESSHSDPNGQHYLGNNNSNSRNSNSSSSFDDQHPLPEFSGSGGGAGIFKAPSRSAVHPGRPTALELRPHPLKETQVGRFIRTIACTETQLWAGQESGVRFWNFSDAFEPGLGIGGRARRGDEDAAPFYESVNTSPTTCLMTECASKLVMSGHKDGKIRSWKMDQKPVDDTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_033415
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_033415
位置Chr07:43282074-43287198 (-)
描述Similar to IP5P12: Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 12
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g43900 可能对 Ins(1,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。
Molecular and biochemical characterization of three WD-repeat-domain-containing inositol polyphosphate 5-phosphatases in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch187
At1g05630 将肌醇1,4,5-三磷酸（Ins(1,4,5)P3）转化为肌醇1,4-二磷酸。
Molecular and biochemical characterization of three WD-repeat-domain-containing inositol polyphosphate 5-phosphatases in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch187
At5PTase13 modulates cotyledon vein development through regulating auxin homeostasis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.067140
An inositol polyphosphate 5-phosphatase functions in PHOTOTROPIN1 signaling in Arabidopis by altering cytosolic Ca2+.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.052670
The role of Arabidopsis 5PTase13 in root gravitropism through modulation of vesicle trafficking.2009 · DOI: 10.1038/cr.2009.105
At2g31830 可能对 PtdIns(4,5)P₂、PtdIns(3,4,5)P₃ 和 Ins(1,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。
Molecular and biochemical characterization of three WD-repeat-domain-containing inositol polyphosphate 5-phosphatases in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch187
At1g65580 可能对 PtdIns(4,5)P₂、PtdIns(3,4,5)P₃ 和 Ins(1,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。
FRAGILE FIBER3, an Arabidopsis gene encoding a type II inositol polyphosphate 5-phosphatase, is required for secondary wall synthesis and actin organization in fiber cells.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.027466

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033415 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0007584 response to nutrient 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009743 response to carbohydrate 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0043647 inositol phosphate metabolic process 生物过程
GO:0046856 phosphatidylinositol dephosphorylation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05630
ath:AT1G65580
ath:AT2G31830
ath:AT2G43900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.395
排名 1 · LXL04_033415 · OH-1004
细胞核0.263
排名 2 · LXL04_033415 · OH-1004
细胞膜0.239
排名 3 · LXL04_033415 · OH-1004
高尔基体0.154
排名 4 · LXL04_033415 · OH-1004
溶酶体／液泡0.121
排名 5 · LXL04_033415 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23754.2Beta-prop_IP5PC_F160-368 aa
PF23754.2Beta-prop_IP5PC_F398-587 aa
PF22669.3Exo_endo_phos2621-991 aa
PF03372.30Exo_endo_phos621-987 aa
PF23755.2Ig-like_IP5PC_F1030-1163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_033415PF23754.2Beta-prop_IP5PC_F1603683.2e-208692.1
LXL04_033415PF23754.2Beta-prop_IP5PC_F3985873.2e-208692.1
LXL04_033415PF22669.3Exo_endo_phos26219911.8e-65222.1
LXL04_033415PF03372.30Exo_endo_phos6219873.7e-0834.1
LXL04_033415PF23755.2Ig-like_IP5PC_F103011638.1e-53178.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80560拟南芥Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 1260.720%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SYK4拟南芥Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 1357.417%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SKB7拟南芥Type II inositol polyphosphate 5-phosphatase 1454.438%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q84W55拟南芥Type II inositol polyphosphate 5-phosphatase 1553.795%Swiss-Prot强数据库同源证据

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