LXL04_033404 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033404

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 43061565-43069170 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2007 bp · LXL04_033404|LXL04_033404|OH1004|cDNA

atgacgaaatcttcaagcagaagatttgtttttaatacttttgtatacatattttagcaaacgtttaaattcagacattataaacttttgtaacaggcttttaattaatgaatttgagatgtttgctatgtttgcttgattgttgtggttgtgatgctaaatatgacgttccgccctcaaacgtttccgccatactggtttgggggtgtgacagttgTGGATTCTGGGAATTCAAATTTCAAGAAAGGCGATCTAGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1872 bp · LXL04_033404|LXL04_033404|OH1004|CDS

TTGATTGTTGTGGTTGTGATGCTAAATATGACGTTCCGCCCTCAAACGTTTCCGCCATACTGGTTTGGGGGTGTGACAGTTGTGGATTCTGGGAATTCAAATTTCAAGAAAGGCGATCTAGTTTGGGGAGGGACAGGATGGGAAGAATACAGCATTATCAATGATCCCCAGTTTCTATTCAAAATTCAAGATACAGATGTCCCTCTTTCCTATTATACAGGAATTCTTGGTATGCCTGGTATGACGGCTTATTATGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

623 aa · LXL04_033404|LXL04_033404|OH1004|PROTEIN

MIVVVVMLNMTFRPQTFPPYWFGGVTVVDSGNSNFKKGDLVWGGTGWEEYSIINDPQFLFKIQDTDVPLSYYTGILGMPGMTAYYGLYKICAPKKGEYVFVSAASGAVGQLVGQFAKLTGCYVVGSAGTKEKVDLLKNKFGFDEAFNYKEEQDLDAALKKYFPEGIDIYFENVGGKMLEDVLLNMRENGRISVCGLISQYNLVEEEGVKNLFCVVTKRLLLKGFIISDHFNLYPKYLEMVMPLIKEGNICYIEDIVEGLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033404`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033404

位置 Chr07:43061565-43069170 (-)

描述 Similar to DBR: 2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16990`	在体外催化苯丙醛类底物（如对香豆醛和松柏醛）7-8双键的还原。	暂无已核实直接文献
`At5g16970`	参与反应性羰基的解毒。	Protection against photooxidative injury of tobacco leaves by 2-alkenal reductase. Detoxication of lipid peroxide-derived reactive carbonyls.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.070391 Mechanistic and structural studies of apoform, binary, and ternary complexes of the Arabidopsis alkenal double bond reductase At5g16970.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m605900200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033404 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0032440 2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity 分子功能

GO:0035798 2-alkenal reductase (NADPH) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:BAA89423

ath:AT5G16970

ath:AT5G16990

nta:107830910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.732

排名 1 · LXL04_033404 · OH-1004

细胞核0.169

排名 2 · LXL04_033404 · OH-1004

内质网0.093

排名 3 · LXL04_033404 · OH-1004

线粒体0.090

排名 4 · LXL04_033404 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 5 · LXL04_033404 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16884.11ADH_N_226-57 aa

PF00107.33ADH_zinc_N107-239 aa

PF13602.13ADH_zinc_N_2141-280 aa

PF16884.11ADH_N_2290-400 aa

PF00107.33ADH_zinc_N445-577 aa

PF13602.13ADH_zinc_N_2479-618 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033404	`PF16884.11`	ADH_N_2	26	57	3.1e-35	121.0
LXL04_033404	`PF00107.33`	ADH_zinc_N	107	239	1.1e-48	165.2
LXL04_033404	`PF13602.13`	ADH_zinc_N_2	141	280	1.8e-14	55.5
LXL04_033404	`PF16884.11`	ADH_N_2	290	400	3.1e-35	121.0
LXL04_033404	`PF00107.33`	ADH_zinc_N	445	577	1.1e-48	165.2
LXL04_033404	`PF13602.13`	ADH_zinc_N_2	479	618	1.8e-14	55.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39173`	拟南芥	NADP-dependent alkenal double bond reductase P2	69.412%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39172`	拟南芥	NADPH-dependent oxidoreductase 2-alkenal reductase	68.915%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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