LXL04_033400 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033400

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 42954752-42955855 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

411 bp · LXL04_033400|LXL04_033400|OH1004|cDNA

ATGAACCACAACCAGCAATCAAACGAAGCTAAACACAATGATGAAACTGCCCTCACAGATTTTCTTGCCTCATTAACAGACTACACCCCAACTATTCCTGATGAACTGGTGGAACATTACTTAGCGAAAAGTGGGTTTCAATGTCCAGATGTTCGATTAATAAGACTAGTTGCAGTTGCCGCTCAGAAGTTTGTCTCAGAGGTTGCCACTGAAGCTCTCCAGCAATGCAAGGCGAGACCAGCACCCGTGGTCAGGGACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

411 bp · LXL04_033400|LXL04_033400|OH1004|CDS

ATGAACCACAACCAGCAATCAAACGAAGCTAAACACAATGATGAAACTGCCCTCACAGATTTTCTTGCCTCATTAACAGACTACACCCCAACTATTCCTGATGAACTGGTGGAACATTACTTAGCGAAAAGTGGGTTTCAATGTCCAGATGTTCGATTAATAAGACTAGTTGCAGTTGCCGCTCAGAAGTTTGTCTCAGAGGTTGCCACTGAAGCTCTCCAGCAATGCAAGGCGAGACCAGCACCCGTGGTCAGGGACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

136 aa · LXL04_033400|LXL04_033400|OH1004|PROTEIN

MNHNQQSNEAKHNDETALTDFLASLTDYTPTIPDELVEHYLAKSGFQCPDVRLIRLVAVAAQKFVSEVATEALQQCKARPAPVVRDKKEKQQKDKRLIMNMDDLSKALQEYGVNVKHQEYFADSSSAGMESAQRDE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033400`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033400

位置 Chr07:42954752-42955855 (-)

描述 Similar to TAF10: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31720`	TAF 是转录因子 IID 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	The Arabidopsis mutant stg1 identifies a function for TBP-associated factor 10 in plant osmotic stress adaptation.2006 · DOI: 10.1093/pcp/pcj099 Temporary expression of the TAF10 gene and its requirement for normal development of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcl048

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033400 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

GO:0036285 SAGA complex assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31720

dme:Dmel_CG2859

dme:Dmel_CG3069

hsa:6881

mmu:24075

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.936

排名 1 · LXL04_033400 · OH-1004

细胞质0.216

排名 2 · LXL04_033400 · OH-1004

线粒体0.020

排名 3 · LXL04_033400 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_033400 · OH-1004

高尔基体0.010

排名 5 · LXL04_033400 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03540.20TAF1018-121 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033400	`PF03540.20`	TAF10	18	121	2.7e-38	130.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04173`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 10	78.676%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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