LXL04_033236 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033236

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 38997463-38999949 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1839 bp · LXL04_033236|LXL04_033236|OH1004|cDNA

ATGGCGACGGAGATGGCGAATACCGATCCAGAGGGAATCGACGGAGTTCGTATGACCTGGAACGCTTGGCCACGCACAAAAGTTGAAGCTAGCAAGTGTGTGATTCCAATCGCCGCCTCGATCTCACCGATCCGCTCTCATCCCCTCATCCCCACCAACCCCTATGCGCCACTCAGATGCAAGACCTGCTCCACCGTGCTTAATCCATTCTGCCGTGTCGACTTCTCCGCTCTCATCTGGATCTGCCCATTTTGCTTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1839 bp · LXL04_033236|LXL04_033236|OH1004|CDS

ATGGCGACGGAGATGGCGAATACCGATCCAGAGGGAATCGACGGAGTTCGTATGACCTGGAACGCTTGGCCACGCACAAAAGTTGAAGCTAGCAAGTGTGTGATTCCAATCGCCGCCTCGATCTCACCGATCCGCTCTCATCCCCTCATCCCCACCAACCCCTATGCGCCACTCAGATGCAAGACCTGCTCCACCGTGCTTAATCCATTCTGCCGTGTCGACTTCTCCGCTCTCATCTGGATCTGCCCATTTTGCTTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

612 aa · LXL04_033236|LXL04_033236|OH1004|PROTEIN

MATEMANTDPEGIDGVRMTWNAWPRTKVEASKCVIPIAASISPIRSHPLIPTNPYAPLRCKTCSTVLNPFCRVDFSALIWICPFCFQRNHFPHHFSGISETNVPAELYSQYTTIEYALPNHDVHHTLPPPVYIFVLDTCMIEEELGFAKSALQQALEFLPENALVGFVSFGTQVQVHELGYSDMSKVYVFRGSKEMTKDQVLDQLGLGSGRRVGGVPVPGQGFQKGPVPPNSGFTRFLLPASDGAYIIHSSIIQLLEELG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033236`
TK1151 ID	TkA06G190250
OH-1004 ID	LXL04_033236
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	86.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 24.413 / OH-1004 8.497 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033236

位置 Chr07:38997463-38999949 (+)

描述 Similar to SEC23: Protein transport protein SEC23 (Ustilago maydis (strain 521 / FGSC 9021)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23660`	被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。	暂无已核实直接文献
`At1g05520`	Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g14160`	被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。	暂无已核实直接文献
`At2g21630`	Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033236 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030127 COPII vesicle coat 细胞组分

GO:0070971 endoplasmic reticulum exit site 细胞组分

GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05520

ath:AT2G21630

ath:AT3G23660

ath:AT4G14160

uma:UMAG_01624

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · LXL04_033236 · OH-1004

高尔基体0.259

排名 2 · LXL04_033236 · OH-1004

细胞核0.160

排名 3 · LXL04_033236 · OH-1004

溶酶体／液泡0.155

排名 4 · LXL04_033236 · OH-1004

内质网0.151

排名 5 · LXL04_033236 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04810.21zf-Sec23_Sec2457-95 aa

PF04811.22Sec23_trunk128-402 aa

PF08033.18Sec23_BS413-516 aa

PF04815.21Sec23_helical530-605 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033236	`PF04810.21`	zf-Sec23_Sec24	57	95	7.8e-15	55.3
LXL04_033236	`PF04811.22`	Sec23_trunk	128	402	9e-62	209.5
LXL04_033236	`PF08033.18`	Sec23_BS	413	516	7.3e-25	88.1
LXL04_033236	`PF04815.21`	Sec23_helical	530	605	9.2e-19	67.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUG1`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 E	74.092%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H0S3`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 B	71.704%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VXX0`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 F	73.211%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIJ7`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 C	54.125%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情