LXL04_033224 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033224

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 38711608-38717102 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3606 bp · LXL04_033224|LXL04_033224|OH1004|cDNA

ATGGATTCTCTGCGTGTGCTCAATTGTTACTCTGCCACCAAGAATCCATCCCCTTTAGAAAACCAGTCCGCCAGGGAATTCAGATTCCTCCATCACCACAACCGGCAAAGAACTTTTCGTGTTGTGGGTTTTTTGAAGCCAAGATTAAGTCCTCATCCCGGCCATTATTTGCGATTTCAACAACAGTCTTCTCCCGTTGTATGTGCCGTATCCACCCAAACCAGAGACGAAGAGAAGGGGGAAACAGAAATGAAGTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3606 bp · LXL04_033224|LXL04_033224|OH1004|CDS

ATGGATTCTCTGCGTGTGCTCAATTGTTACTCTGCCACCAAGAATCCATCCCCTTTAGAAAACCAGTCCGCCAGGGAATTCAGATTCCTCCATCACCACAACCGGCAAAGAACTTTTCGTGTTGTGGGTTTTTTGAAGCCAAGATTAAGTCCTCATCCCGGCCATTATTTGCGATTTCAACAACAGTCTTCTCCCGTTGTATGTGCCGTATCCACCCAAACCAGAGACGAAGAGAAGGGGGAAACAGAAATGAAGTCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1201 aa · LXL04_033224|LXL04_033224|OH1004|PROTEIN

MDSLRVLNCYSATKNPSPLENQSAREFRFLHHHNRQRTFRVVGFLKPRLSPHPGHYLRFQQQSSPVVCAVSTQTRDEEKGETEMKSKTSHGKVQLTLRLDHQVKFGEHVAVMGSTKEFGSWKKKKQLNWTETGWVCDIECKGNETHEFKFIVEQMDKSMIWEGGDNRVLKLPKSGSFEMVCHWTMTNEPINLLPVDGKEYEVEVESVDEIEDNNSSTSTTSPFVEKWKGKEASFMRSNEHGDRERERHWDTSGLQGVALK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033224`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033224

位置 Chr07:38711608-38717102 (+)

描述 Similar to GWD3: Phosphoglucan, water dikinase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26570`	介导磷酸盐掺入淀粉样磷酸-α-葡聚糖中，主要位于葡萄糖单元的 C-3 位置。	A novel isoform of glucan, water dikinase phosphorylates pre-phosphorylated alpha-glucans and is involved in starch degradation in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02322.x
`At1g10760`	介导磷酸盐并入类淀粉 α-葡聚糖，主要位于葡萄糖单元的 C-6 位置。	The Arabidopsis sex1 mutant is defective in the R1 protein, a general regulator of starch degradation in plants, and not in the chloroplast hexose transporter.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010091

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0297500`	介导磷酸盐掺入淀粉样磷酸-α-葡聚糖中，主要位于葡萄糖单元的 C-3 位置。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033224 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005982 starch metabolic process 生物过程

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004673 protein histidine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA70725

ath:AT1G10760

ath:AT5G26570

dosa:Os12g0297500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.964

排名 1 · LXL04_033224 · OH-1004

细胞质0.049

排名 2 · LXL04_033224 · OH-1004

线粒体0.044

排名 3 · LXL04_033224 · OH-1004

过氧化物酶体0.034

排名 4 · LXL04_033224 · OH-1004

细胞核0.027

排名 5 · LXL04_033224 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00686.26CBM_2093-176 aa

PF31155.1PWD_link250-448 aa

PF22973.3GWD1_pHisD709-830 aa

PF01326.25PPDK_N904-1199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033224	`PF00686.26`	CBM_20	93	176	8.2e-14	51.9
LXL04_033224	`PF31155.1`	PWD_link	250	448	2.3e-102	341.7
LXL04_033224	`PF22973.3`	GWD1_pHisD	709	830	2.8e-28	98.6
LXL04_033224	`PF01326.25`	PPDK_N	904	1199	5.6e-36	125.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6ZY51`	拟南芥	Phosphoglucan, water dikinase, chloroplastic	62.200%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAC6`	拟南芥	Alpha-glucan water dikinase 1, chloroplastic	25.705%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QTC2`	水稻	Phosphoglucan, water dikinase, chloroplastic	60.256%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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