LXL04_033220 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033220

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 38528620-38533883 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2937 bp · LXL04_033220|LXL04_033220|OH1004|cDNA

ATGTTGGCTACCAATTATATTGATTCGGTTGGTAACGAATTGGTTGGTTCTCCACGAGGGAAGAATATGAGAAGTAGGTCAAAGTCAAATAGTAATCGAACGATGCTTACCGGACGTGAAAGTTTGATCACATTAATCGGCAAGCGCCGCCGATTCCTCCCAAATCGTCAATCCCTTCTGTCAGACCCCATTCAGATATCTTCGAGTCTTGTGAAAGTTGAAAATGGAGCAGAAGATCTGTTAGAGGAACGTAATGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2937 bp · LXL04_033220|LXL04_033220|OH1004|CDS

ATGTTGGCTACCAATTATATTGATTCGGTTGGTAACGAATTGGTTGGTTCTCCACGAGGGAAGAATATGAGAAGTAGGTCAAAGTCAAATAGTAATCGAACGATGCTTACCGGACGTGAAAGTTTGATCACATTAATCGGCAAGCGCCGCCGATTCCTCCCAAATCGTCAATCCCTTCTGTCAGACCCCATTCAGATATCTTCGAGTCTTGTGAAAGTTGAAAATGGAGCAGAAGATCTGTTAGAGGAACGTAATGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

978 aa · LXL04_033220|LXL04_033220|OH1004|PROTEIN

MLATNYIDSVGNELVGSPRGKNMRSRSKSNSNRTMLTGRESLITLIGKRRRFLPNRQSLLSDPIQISSSLVKVENGAEDLLEERNGNLAGTSGSDKVICPVCGNKVRGEDYMINSHLDACLTRGTKRKLSQQTLLQFNFSPRSKVRTCLTYSVDTKSNITSHDKDTTDLIGIDTEVTDSITYESSSSPDVNIDPSAEILVNDDKTIASSGSIITNGEIGNCATSVSEIEASENDSAYTDDDISGTFLATFIVGRKFGDEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033220`
TK1151 ID	TkA08G242090
OH-1004 ID	LXL04_033220
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.751 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033220

位置 Chr07:38528620-38533883 (-)

描述 Similar to FAN1: Fanconi-associated nuclease 1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48360`	修复DNA链间交联（ICLs）所需的核酸酶。	The nuclease FAN1 is involved in DNA crosslink repair in Arabidopsis thaliana independently of the nuclease MUS81.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv208

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0171800`	修复DNA链间交联（ICL）所需的核酸酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033220 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005929 cilium 细胞组分

GO:0045171 intercellular bridge 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48360

dosa:Os06g0171800

dre:565458

hsa:22909

mmu:330554

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.873

排名 1 · LXL04_033220 · OH-1004

细胞质0.149

排名 2 · LXL04_033220 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_033220 · OH-1004

质体0.030

排名 4 · LXL04_033220 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_033220 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08797.17HIRAN249-347 aa

PF21315.4FAN1_HTH379-458 aa

PF21170.5FAN1_TPR637-730 aa

PF08774.18VRR_NUC861-973 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033220	`PF08797.17`	HIRAN	249	347	2e-16	60.3
LXL04_033220	`PF21315.4`	FAN1_HTH	379	458	1.2e-15	57.9
LXL04_033220	`PF21170.5`	FAN1_TPR	637	730	1.5e-12	48.5
LXL04_033220	`PF08774.18`	VRR_NUC	861	973	5.2e-34	117.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XVJ4`	拟南芥	Fanconi-associated nuclease 1 homolog	53.066%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5SNL7`	水稻	Fanconi-associated nuclease 1 homolog	47.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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